Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15464270	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	21271391	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	9600807	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	17242628	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	21678863	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	17542950	C-A	HOMO	STOP_GAINED	LOC_Os11g30170
SBS	Chr11	3444785	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	22229745	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	31752058	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	31752061	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	34228542	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6097259	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12164872	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	28679241	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	3032084	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	30697509	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	32627315	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	26244222	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	14919511	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17990868	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	21701263	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37130
SBS	Chr6	21655474	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	26664853	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	27163701	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	28918591	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	3278675	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	4296845	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7677472	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	783859	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	27086835	C-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	7728565	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	21365781	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	22989769	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	11823697	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15681640	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21253884	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	7085879	T-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1594258	1594264	6
Deletion	Chr12	2599965	2600020	55	LOC_Os12g05650
Deletion	Chr12	2765781	2765796	15
Deletion	Chr6	4126136	4126137	1
Deletion	Chr10	4991001	5055000	64000	12
Deletion	Chr1	8363839	8363867	28
Deletion	Chr3	12157862	12157868	6
Deletion	Chr7	12373750	12373774	24
Deletion	Chr3	23507464	23507465	1
Deletion	Chr6	24444920	24444925	5
Deletion	Chr3	24555148	24572881	17733	3
Deletion	Chr6	28597081	28597100	19
Deletion	Chr4	29609965	29609971	6
Deletion	Chr1	30352248	30352250	2
Deletion	Chr2	33518711	33518714	3
Deletion	Chr2	35523085	35523089	4	LOC_Os02g58020
Deletion	Chr1	38265851	38265863	12

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	186598	186601	4
Insertion	Chr3	1398936	1398936	1
Insertion	Chr3	17657273	17657274	2
Insertion	Chr4	20019895	20019896	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	417777	564909	LOC_Os11g01780
Inversion	Chr11	417789	564921	LOC_Os11g01780
Inversion	Chr5	7535121	24927514
Inversion	Chr5	7535411	24927515
Inversion	Chr9	15678253	15683384
Inversion	Chr9	15678278	15760998	LOC_Os09g26144

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	11665756	Chr6	29199596	LOC_Os10g22510
Translocation	Chr8	27530335	Chr3	31848812	LOC_Os08g43530

Main menu