Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10825312	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	13519031	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	15467054	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	16258702	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	22321991	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	13314587	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	13585930	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	22873780	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g42439
SBS	Chr10	4603739	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	4990834	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	1891043	T-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	24083107	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	20278705	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21935661	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	25862041	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g41740
SBS	Chr12	25937861	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10688442	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11343065	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	19625120	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	19625123	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	24874526	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	34973063	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	1231351	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16275942	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18279693	T-G	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os03g31944
SBS	Chr3	25221726	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13696780	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	2249647	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr5	10128862	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13384576	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	4229103	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9884443	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	28501299	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	7888459	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14140
SBS	Chr6	9771571	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10445389	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17469548	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	143556	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	17640572	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24591174	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	5194750	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	1899224	1899227	3
Deletion	Chr8	3542712	3542721	9
Deletion	Chr11	4005947	4005957	10
Deletion	Chr2	7896038	7897854	1816
Deletion	Chr1	10275908	10275914	6
Deletion	Chr1	10511680	10511689	9
Deletion	Chr7	10661397	10661411	14
Deletion	Chr2	13071047	13071065	18
Deletion	Chr4	13745513	13745523	10
Deletion	Chr7	17439273	17439274	1
Deletion	Chr5	20095952	20095959	7
Deletion	Chr10	20111744	20111746	2	LOC_Os10g37580
Deletion	Chr1	20413583	20413586	3
Deletion	Chr4	21466495	21466498	3	LOC_Os04g35300
Deletion	Chr4	22198835	22198848	13
Deletion	Chr1	22900025	22900033	8	LOC_Os01g40540
Deletion	Chr11	24809324	24809327	3
Deletion	Chr4	29484423	29484425	2
Deletion	Chr3	33288608	33306858	18250	3
Deletion	Chr3	35510190	35510191	1
Deletion	Chr1	38636150	38636154	4

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	24753524	24753527	4
Insertion	Chr1	4915293	4915294	2
Insertion	Chr10	9413777	9413778	2	LOC_Os10g18560
Insertion	Chr2	18588040	18588050	11
Insertion	Chr7	23100486	23100491	6
Insertion	Chr7	27896061	27896061	1
Insertion	Chr9	13889572	13889572	1	LOC_Os09g23370

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	13990298	14032875	LOC_Os01g24920

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	13408898	Chr6	18884650	LOC_Os09g22150
Translocation	Chr4	17699865	Chr1	13992342
Translocation	Chr4	17702626	Chr1	13994965

Main menu