Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN1097-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN1097-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 90

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7568839	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	15556634	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	29701293	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	33320081	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	39200671	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	39401986	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	5777609	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12486741	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15359872	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21195249	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g35270
SBS	Chr2	22514548	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	23749874	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	34320610	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g56070
SBS	Chr3	2057058	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04430
SBS	Chr3	4499889	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	6409702	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12934380	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	21618834	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30170112	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g52594
SBS	Chr3	33872752	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59510
SBS	Chr4	1385871	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	2934081	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g05730
SBS	Chr4	5706333	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	9566565	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12030447	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13168173	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	17112737	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21814789	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	31979227	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g53660
SBS	Chr4	32542680	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	2199559	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5178196	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	7235833	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10573256	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10670764	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	10670765	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	10837489	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	15818772	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	21466704	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	24704796	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	1033911	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	2004412	T-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g04600
SBS	Chr6	10772157	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g18950
SBS	Chr6	15273652	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	16480255	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	29913239	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	7068634	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9180978	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11852684	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	13680226	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	19335088	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	20922143	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	27294053	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	28562917	G-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr7	28827503	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4472229	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	9886161	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	14681090	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16058468	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17261952	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	18515323	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	21832031	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	437638	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	1492787	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	1634179	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4508869	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	9045254	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	14627992	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15014368	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15139902	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	16815947	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17280504	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16646205	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	4562081	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	11253439	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	11935216	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	19209367	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23539614	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	25755184	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	3228639	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g06650
SBS	Chr12	3228640	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g06650
SBS	Chr12	5480418	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	10113735	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	13892528	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g24350
SBS	Chr12	14258606	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21943035	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	22051470	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	22388227	C-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	24619748	G-T	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr12	27446979	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g44280

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	544023	544024	1
Deletion	Chr1	1699731	1699737	6	LOC_Os01g03950
Deletion	Chr7	1936496	1936497	1
Deletion	Chr5	5352342	5352361	19
Deletion	Chr5	5595856	5607180	11324	LOC_Os05g10270
Deletion	Chr9	7145433	7171611	26178	3
Deletion	Chr7	8152157	8152158	1
Deletion	Chr2	9282703	9282711	8
Deletion	Chr12	9992726	9992733	7	LOC_Os12g17424
Deletion	Chr2	10074660	10074661	1	LOC_Os02g17500
Deletion	Chr10	11591935	11591936	1
Deletion	Chr12	12339320	12339329	9
Deletion	Chr3	12355071	12355081	10	LOC_Os03g21640
Deletion	Chr5	13424365	13424375	10
Deletion	Chr4	13586922	13586971	49	LOC_Os04g23760
Deletion	Chr11	16974259	16974261	2
Deletion	Chr11	19120810	19120811	1	LOC_Os11g32369
Deletion	Chr10	20072484	20072491	7	LOC_Os10g37490
Deletion	Chr8	20769723	20769725	2
Deletion	Chr1	21737481	21737482	1
Deletion	Chr8	22894244	22894255	11
Deletion	Chr11	24241474	24241475	1
Deletion	Chr8	24663790	24663799	9
Deletion	Chr8	24809339	24809347	8
Deletion	Chr8	24886486	24886494	8
Deletion	Chr7	25944774	25944776	2
Deletion	Chr1	39255328	39255333	5

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr6	210075	210075	1	LOC_Os06g01340
Insertion	Chr7	23887239	23887240	2
Insertion	Chr7	26175219	26175219	1
Insertion	Chr7	29629256	29629257	2
Insertion	Chr8	26815767	26815768	2
Insertion	Chr12	16895887	16895887	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	24523620	24775051	LOC_Os08g39220
Inversion	Chr8	24524636	24775062	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4838141	Chr4	18124172	LOC_Os04g30370
Translocation	Chr5	5595868	Chr3	30086127	LOC_Os03g52430
Translocation	Chr5	5607146	Chr3	30086074	2

Main menu

You are here

Search Results