Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13145221	G-A	HET	START_LOST	LOC_Os01g23390
SBS	Chr1	16515155	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	21831597	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	23332079	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24176684	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24176686	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27100579	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34545523	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36317936	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g62720
SBS	Chr1	39165388	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	52129	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01100
SBS	Chr11	17898471	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g30740
SBS	Chr11	21233703	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g36120
SBS	Chr12	12824701	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15395602	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19993687	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	4962219	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	1183229	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32965525	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32965757	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	12000961	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14540438	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16331284	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g28350
SBS	Chr3	2553157	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	33481823	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	33481828	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	36076155	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	7406207	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	13911085	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21091677	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26280030	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13437460	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9971806	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	12575890	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g22400
SBS	Chr7	26221605	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	3145563	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23367494	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g36930
SBS	Chr8	623306	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	2877462	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	7105022	A-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2509688	2509696	8
Deletion	Chr4	4977620	4977688	68
Deletion	Chr6	4987718	4987719	1
Deletion	Chr5	8635484	8635485	1	LOC_Os05g15220
Deletion	Chr5	8933206	8933207	1
Deletion	Chr6	13032360	13032364	4
Deletion	Chr5	14825427	14825428	1	LOC_Os05g25500
Deletion	Chr10	16400989	16400991	2
Deletion	Chr2	17514739	17514745	6
Deletion	Chr10	17652901	17652905	4
Deletion	Chr5	18706226	18706251	25
Deletion	Chr3	19823819	19823939	120
Deletion	Chr8	20069865	20069871	6
Deletion	Chr3	21174861	21174863	2
Deletion	Chr9	21247119	21247121	2
Deletion	Chr3	21571647	21571651	4
Deletion	Chr3	21785893	21785900	7	LOC_Os03g39230
Deletion	Chr9	22088474	22088475	1
Deletion	Chr3	24069308	24069315	7
Deletion	Chr11	24878806	24878807	1
Deletion	Chr11	26802247	26802248	1	LOC_Os11g44340
Deletion	Chr8	27085374	27085388	14
Deletion	Chr8	27604940	27604948	8
Deletion	Chr2	29715039	29715043	4
Deletion	Chr3	32598179	32784108	185929	34
Deletion	Chr1	35017001	35212000	195000	32
Deletion	Chr1	39236123	39236125	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	2961170	2961175	6
Insertion	Chr11	25825589	25825591	3
Insertion	Chr2	24120906	24120907	2
Insertion	Chr3	25647201	25647202	2
Insertion	Chr6	11305056	11305056	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	9878540	10014775	2
Inversion	Chr11	9878554	10014784	2
Inversion	Chr1	34758217	35127612

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	22578753	Chr8	3787816	LOC_Os11g38070

Main menu