Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	24764052	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	28205897	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5684221	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	15270847	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16607758	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5226465	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15015015	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15141761	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26440
SBS	Chr11	16716145	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8642139	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	11037531	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	13682840	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10482799	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21493248	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	867636	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g02460
SBS	Chr3	34352986	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	14317018	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	31530372	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32813990	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	34438609	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	6355387	G-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g11610
SBS	Chr5	10128886	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6022541	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g10870
SBS	Chr5	6022542	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	12469864	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21610
SBS	Chr6	16539010	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	16743810	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	21216214	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g36220
SBS	Chr6	29863262	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2767723	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g05750
SBS	Chr7	9080541	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	19441610	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31430
SBS	Chr8	24058962	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7073146	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12234193	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13722277	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13805119	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	3019723	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	8398667	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14210

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	413707	413801	94
Deletion	Chr5	3390398	3390400	2
Deletion	Chr4	3517231	3517241	10
Deletion	Chr1	4995990	4995995	5
Deletion	Chr5	8891288	8891292	4	LOC_Os05g15750
Deletion	Chr8	9704549	9704550	1
Deletion	Chr8	13126709	13126743	34
Deletion	Chr5	16748196	16748208	12
Deletion	Chr5	18763230	18763249	19
Deletion	Chr5	20014329	20014330	1
Deletion	Chr10	20441475	20441499	24
Deletion	Chr8	20919857	21038835	118978	18
Deletion	Chr10	21168309	21168311	2
Deletion	Chr6	21940120	21944140	4020	LOC_Os06g37140
Deletion	Chr3	22468987	22468996	9
Deletion	Chr5	22665839	22665841	2	LOC_Os05g38660
Deletion	Chr8	23016836	23016837	1
Deletion	Chr10	23160169	23160186	17
Deletion	Chr4	25168718	25168723	5
Deletion	Chr8	26120024	26120025	1
Deletion	Chr7	26461964	26461966	2
Deletion	Chr8	27595578	27595581	3
Deletion	Chr1	35076329	35076330	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	23712853	23712853	1
Insertion	Chr3	3502138	3502138	1
Insertion	Chr7	11427287	11427288	2
Insertion	Chr9	14985480	14985481	2

No Inversion

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	11272892	Chr7	2280247	LOC_Os12g19381

Main menu