Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10750571	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	11454640	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38295774	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	10255710	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10255711	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10821914	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	25466358	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	10253145	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	11667840	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g20600
SBS	Chr3	15255353	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	15728475	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	34795186	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	4590915	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	9361608	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	34215226	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	35085311	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	35373371	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g59494
SBS	Chr4	43471	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6774898	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	10008919	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	12385634	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8155613	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8155614	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11982206	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	28890689	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	5894409	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	10154396	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	11390223	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12386789	A-G	HET	START_LOST	LOC_Os08g20620
SBS	Chr8	13815414	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23920181	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	1922770	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3228658	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1880322	1880326	4
Deletion	Chr9	1931315	1931317	2
Deletion	Chr11	2557997	2558006	9
Deletion	Chr7	6496128	6496138	10
Deletion	Chr3	9700867	9700871	4	LOC_Os03g17440
Deletion	Chr3	10385221	10385222	1	LOC_Os03g18540
Deletion	Chr2	10586537	10586547	10
Deletion	Chr1	10750565	10750567	2
Deletion	Chr9	11514258	11514259	1
Deletion	Chr9	12169781	12169782	1
Deletion	Chr1	12223239	12223287	48	LOC_Os01g21780
Deletion	Chr9	13915307	13915314	7
Deletion	Chr3	14545026	14545031	5
Deletion	Chr10	15549727	15549728	1
Deletion	Chr9	21968001	22389000	421000	79
Deletion	Chr11	22429937	22429940	3
Deletion	Chr3	22525022	22525023	1
Deletion	Chr4	22637611	22637625	14
Deletion	Chr4	24215834	24215835	1
Deletion	Chr6	24810102	24810103	1
Deletion	Chr4	26128626	26128627	1
Deletion	Chr4	26145194	26145195	1
Deletion	Chr12	26274262	26274263	1
Deletion	Chr11	26862928	26862929	1
Deletion	Chr5	27755557	27755560	3
Deletion	Chr2	31639540	31639556	16
Deletion	Chr1	36477631	36477650	19

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	6154845	6154845	1
Insertion	Chr11	19039861	19039862	2
Insertion	Chr6	17051808	17051808	1

No Inversion

No Translocation

Main menu