Search Results

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	4229506	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	14540781	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	39758295	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	4419434	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	20046604	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	165630	T-C	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os03g01240
SBS	Chr3	695228	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g02140
SBS	Chr3	695229	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g02140
SBS	Chr3	6558954	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	6558955	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	19650168	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29273200	C-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	32649002	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	4147252	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	5829862	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5774785	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	24174334	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	24882613	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27954726	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28134925	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8067949	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9543968	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10487871	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17311338	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	29675402	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	10576860	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	22897466	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	16852485	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27690
SBS	Chr10	6192340	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	10651041	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	18411838	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	14794103	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25930
SBS	Chr11	16054882	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	20360827	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	23865838	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	1739459	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	2062529	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g04820
SBS	Chr12	13071528	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23120
SBS	Chr12	20262237	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	24957399	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	25466248	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 26

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	16001	226000	210000	30
Deletion	Chr10	1548103	1548116	13
Deletion	Chr6	1696998	1697002	4
Deletion	Chr5	6833959	6833963	4
Deletion	Chr8	7335530	7335533	3
Deletion	Chr8	10302305	10302308	3
Deletion	Chr3	11070174	11070181	7
Deletion	Chr5	13336528	13336537	9
Deletion	Chr9	14361909	14361910	1
Deletion	Chr10	15017896	15017909	13
Deletion	Chr5	16096017	16096025	8
Deletion	Chr5	17435463	17435479	16
Deletion	Chr10	17740313	17740314	1	LOC_Os10g33650
Deletion	Chr10	18281143	18281144	1
Deletion	Chr5	19854558	19854559	1
Deletion	Chr3	20232837	20232843	6
Deletion	Chr5	20406770	20406782	12
Deletion	Chr1	24909001	24962000	53000	8
Deletion	Chr7	25332996	25332998	2
Deletion	Chr6	26420652	26420668	16
Deletion	Chr1	26590558	26590578	20
Deletion	Chr5	26625362	26793368	168006	24
Deletion	Chr11	26960683	26960697	14
Deletion	Chr2	28471892	28471895	3
Deletion	Chr4	33720180	33720181	1
Deletion	Chr3	34660943	34660945	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	14605884	14605885	2
Insertion	Chr1	4671333	4671333	1
Insertion	Chr3	23670539	23670539	1
Insertion	Chr7	23672250	23672250	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	412693	661201	LOC_Os03g02080

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	140326	Chr1	24909198	2
Translocation	Chr3	412682	Chr1	24961868	LOC_Os01g43580

Main menu