Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1677923	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	27331991	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38955041	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	22001371	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr11	22001372	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	11030984	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	3864679	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	3864680	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	9184263	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	1246053	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	20063011	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	20852291	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	2296406	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	28442530	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31168003	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31168004	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	10576946	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	12141096	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22357143	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	305474	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	11160376	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g20030
SBS	Chr4	23704852	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	3323264	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06360
SBS	Chr5	23860418	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23860423	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27870687	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	24206958	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr6	24795746	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24795747	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14903945	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	4230291	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4242280	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	16832230	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	20382903	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	25760075	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	734565	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	221935	221936	1
Deletion	Chr8	810792	810793	1
Deletion	Chr1	10383426	10383430	4
Deletion	Chr9	10918398	10918399	1
Deletion	Chr8	12050493	12050500	7
Deletion	Chr11	13928304	13928311	7
Deletion	Chr2	16522443	16522446	3	LOC_Os02g27920
Deletion	Chr8	20382800	20382816	16
Deletion	Chr7	24349278	24349279	1	LOC_Os07g40630
Deletion	Chr12	25244908	25245195	287	LOC_Os12g40780
Deletion	Chr12	26130001	26331000	201000	21
Deletion	Chr11	28963393	28963401	8
Deletion	Chr1	33892200	33892216	16
Deletion	Chr4	33908629	33908647	18	LOC_Os04g56890
Deletion	Chr4	34692266	34692281	15

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	15161576	15161577	2	LOC_Os01g27190
Insertion	Chr11	27475952	27475960	9
Insertion	Chr8	13657406	13657407	2
Insertion	Chr9	2225505	2225505	1
Insertion	Chr9	9197671	9197672	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	13506728	13956771	LOC_Os11g24484
Inversion	Chr11	13506756	13959798	LOC_Os11g24484
Inversion	Chr8	16923634	16987336
Inversion	Chr1	33479252	33519726	LOC_Os01g57900

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	21628754	Chr4	2616082
Translocation	Chr9	21629406	Chr4	2616077
Translocation	Chr12	25244924	Chr3	15631468	2
Translocation	Chr12	25245197	Chr3	15631455	2

Main menu