Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12057855	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	15891922	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28370
SBS	Chr1	27159976	A-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	5604893	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	17288445	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	18562442	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	18733908	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	2294052	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	64523	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	19446175	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23341904	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11519557	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11142538	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g19100
SBS	Chr2	27603032	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	32752918	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	33999561	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	4236287	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19076859	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	4236763	A-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	5705833	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	8133655	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g14915
SBS	Chr4	10725130	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15524063	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18171076	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	23607054	C-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os05g40200
SBS	Chr5	28074112	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	29886601	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	4248898	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23206315	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8100366	A-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14210
SBS	Chr9	11731849	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	1263600	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	18875570	T-A	HET	INTRON

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1919066	1919067	1
Deletion	Chr5	3366086	3366100	14
Deletion	Chr12	3693130	3693145	15
Deletion	Chr7	4195471	4195472	1
Deletion	Chr5	7355937	7355955	18
Deletion	Chr4	10295574	10295584	10
Deletion	Chr12	14207846	14207847	1
Deletion	Chr10	17250001	17329000	79000	12
Deletion	Chr8	22054568	22054569	1	LOC_Os08g35010
Deletion	Chr2	23178001	23308000	130000	22
Deletion	Chr8	23329550	23329555	5
Deletion	Chr6	24586090	24586093	3
Deletion	Chr1	30635246	30635252	6
Deletion	Chr2	34494889	34494902	13

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	31479258	31479259	2
Insertion	Chr1	813928	813928	1
Insertion	Chr1	9445153	9445154	2
Insertion	Chr10	11743742	11743745	4
Insertion	Chr2	4562584	4562585	2
Insertion	Chr4	16102848	16102848	1
Insertion	Chr5	10776599	10776600	2
Insertion	Chr9	14985480	14985481	2

No Inversion

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3653217	Chr6	14424555	LOC_Os06g24594
Translocation	Chr11	15785784	Chr2	16753852
Translocation	Chr12	20135659	Chr8	11589497	2

Main menu