Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17287349	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g31590
SBS	Chr1	20879771	C-T	HET
SBS	Chr1	22545904	C-T	HET
SBS	Chr1	29472767	T-C	HET
SBS	Chr1	42356389	G-C	Homo
SBS	Chr1	43183354	C-T	HET
SBS	Chr1	6413835	G-A	HET
SBS	Chr10	1029287	C-T	HET
SBS	Chr10	12212715	C-T	Homo
SBS	Chr10	19691925	A-C	Homo	STOP_LOST	LOC_Os10g36780
SBS	Chr10	5543226	A-C	HET
SBS	Chr10	606401	G-A	HET
SBS	Chr10	972685	A-G	HET
SBS	Chr11	1415562	C-A	Homo
SBS	Chr11	1415563	G-A	Homo
SBS	Chr11	9896751	A-G	Homo
SBS	Chr12	1093998	A-T	HET
SBS	Chr12	5066445	C-T	HET
SBS	Chr12	6948142	G-A	HET
SBS	Chr12	7785851	T-G	HET
SBS	Chr2	22804361	C-A	HET
SBS	Chr2	31974734	T-A	HET
SBS	Chr2	8150934	C-A	HET
SBS	Chr3	10573953	T-A	HET
SBS	Chr3	6008766	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g11580
SBS	Chr4	21765384	G-A	Homo
SBS	Chr4	29937556	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50172
SBS	Chr4	4028671	T-A	HET
SBS	Chr5	11346490	G-T	HET
SBS	Chr5	15109189	C-T	HET
SBS	Chr5	20636146	C-T	HET
SBS	Chr5	27786373	C-G	HET
SBS	Chr5	3357585	G-T	HET
SBS	Chr6	23077422	G-A	Homo
SBS	Chr6	27404425	A-C	HET
SBS	Chr6	27961286	A-T	HET
SBS	Chr7	22124902	G-A	Homo
SBS	Chr7	26084483	G-A	HET
SBS	Chr7	29454628	C-T	HET
SBS	Chr8	10530577	G-C	HET
SBS	Chr8	1974491	A-G	HET
SBS	Chr8	25105200	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g39640
SBS	Chr8	25153267	C-T	HET
SBS	Chr8	5215928	A-G	HET
SBS	Chr9	13978047	T-C	HET
SBS	Chr9	15568122	C-A	HET
SBS	Chr9	18593617	G-A	Homo
SBS	Chr9	18593618	G-A	Homo
SBS	Chr9	589319	C-T	HET
SBS	Chr9	6315964	C-T	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	2554725	2554728	3
Deletion	Chr2	2867063	2867080	17
Deletion	Chr7	3810113	3810114	1
Deletion	Chr2	4698001	4784000	85999	14
Deletion	Chr1	10088658	10088665	7
Deletion	Chr1	11106837	11106839	2	LOC_Os01g19600
Deletion	Chr9	12085344	12085363	19
Deletion	Chr6	13172166	13172190	24
Deletion	Chr9	13753001	13818000	64999	10
Deletion	Chr1	13831646	13831650	4
Deletion	Chr3	14715603	14715604	1
Deletion	Chr6	20444075	20444079	4
Deletion	Chr7	25348094	25348096	2
Deletion	Chr6	26051001	26179000	127999	20
Deletion	Chr1	28915900	28915902	2	LOC_Os01g50360
Deletion	Chr2	35710001	35786000	75999	17

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	13094400	13094400	1
Insertion	Chr10	13408578	13408581	4
Insertion	Chr11	27349982	27349997	16
Insertion	Chr5	23445280	23445281	2
Insertion	Chr6	2340869	2340869	1
Insertion	Chr8	16127410	16127410	1	LOC_Os08g26480

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	775447	1362369	2
Inversion	Chr12	775477	1362371	2
Inversion	Chr9	7302419	7302529
Inversion	Chr8	18818918	19219156
Inversion	Chr8	18818929	19219173
Inversion	Chr6	26048330	26051045	LOC_Os06g43330

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	1986112	Chr1	40935920
Translocation	Chr11	1986283	Chr1	40935911
Translocation	Chr10	5720401	Chr2	24465250	2
Translocation	Chr11	17401522	Chr2	4760272	LOC_Os11g29940

Main menu