Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	28566540	A-T	HET
SBS	Chr1	387730	T-C	HET
SBS	Chr1	388533	G-A	HET
SBS	Chr1	40685653	T-A	Homo
SBS	Chr10	16387756	C-T	Homo
SBS	Chr10	3298675	G-A	Homo
SBS	Chr10	3726302	T-A	HET
SBS	Chr10	5486005	T-A	Homo
SBS	Chr11	14098037	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g24750
SBS	Chr11	15539411	C-T	HET
SBS	Chr11	17785758	G-C	HET
SBS	Chr11	7264817	A-G	HET
SBS	Chr12	10325554	C-T	HET
SBS	Chr12	19509480	G-T	Homo
SBS	Chr12	8954890	G-T	Homo
SBS	Chr2	19732532	T-C	Homo
SBS	Chr2	25096060	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g41740
SBS	Chr2	31404529	G-A	HET
SBS	Chr2	3854592	T-A	HET
SBS	Chr2	5391481	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10270
SBS	Chr2	8502166	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g15230
SBS	Chr3	10168785	G-T	HET
SBS	Chr3	1209464	G-A	HET
SBS	Chr3	14331332	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g25100
SBS	Chr3	15829530	C-T	HET
SBS	Chr3	20485663	T-A	HET
SBS	Chr3	22532579	T-C	HET
SBS	Chr3	28584425	G-A	HET
SBS	Chr3	35021399	T-A	Homo
SBS	Chr3	5208234	G-A	HET
SBS	Chr4	10792584	C-T	HET
SBS	Chr4	12785464	G-T	HET
SBS	Chr4	14714142	A-C	HET
SBS	Chr4	1538725	C-T	HET
SBS	Chr4	21116726	A-T	HET
SBS	Chr4	9757427	G-T	HET
SBS	Chr5	22533233	G-T	Homo
SBS	Chr6	26173799	A-T	Homo
SBS	Chr6	8233379	T-G	HET
SBS	Chr7	14026266	C-T	HET
SBS	Chr7	28025520	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g46880
SBS	Chr7	3331593	G-T	HET
SBS	Chr9	15873733	C-T	HET
SBS	Chr9	16754552	T-G	HET
SBS	Chr9	42834	T-A	Homo

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1852769	1852770	1
Deletion	Chr9	3409287	3409289	2
Deletion	Chr11	4722365	4722366	1
Deletion	Chr6	5003881	5003882	1
Deletion	Chr6	6630270	6630271	1
Deletion	Chr4	10422025	10422026	1
Deletion	Chr6	11011066	11011067	1	LOC_Os06g19350
Deletion	Chr9	14701001	14774000	72999	8
Deletion	Chr3	18336897	18336899	2
Deletion	Chr8	19268724	19268726	2
Deletion	Chr6	19859394	19859406	12
Deletion	Chr1	20695507	20695508	1	LOC_Os01g37080
Deletion	Chr3	21209001	21356000	146999	23
Deletion	Chr11	21480866	21480867	1
Deletion	Chr12	23534944	23534945	1
Deletion	Chr2	32207793	32207795	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	25634717	25634731	15	LOC_Os11g42590
Insertion	Chr12	15237668	15237675	8
Insertion	Chr3	28389567	28389574	8

Inversions: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	173605	223896
Inversion	Chr2	173606	223899
Inversion	Chr8	2061803	2062175
Inversion	Chr2	2814541	3144576	2
Inversion	Chr2	2814546	3144579	2
Inversion	Chr3	4670518	4695285	2
Inversion	Chr3	4670534	4695296	2
Inversion	Chr9	6033361	6538848	2
Inversion	Chr3	10003178	10357717	2
Inversion	Chr3	10003183	10357719	2
Inversion	Chr9	16147999	16148369

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	6033437	Chr2	6365435	LOC_Os09g10950
Translocation	Chr10	6693768	Chr5	13268664
Translocation	Chr6	9561117	Chr1	23826976	2
Translocation	Chr8	19196853	Chr1	3076900
Translocation	Chr11	20668580	Chr6	30139596	2
Translocation	Chr11	20741975	Chr1	36390211	2
Translocation	Chr11	20747918	Chr1	36390200	2
Translocation	Chr6	27323096	Chr3	19216091

Main menu