Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16565833	G-A	HET
SBS	Chr1	28215564	T-A	HET
SBS	Chr11	11030967	A-G	Homo
SBS	Chr11	13183940	G-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os11g22930
SBS	Chr12	12697712	C-G	HET
SBS	Chr12	16899302	A-G	HET
SBS	Chr12	22154540	G-T	HET
SBS	Chr12	319614	C-T	Homo
SBS	Chr2	20913522	C-T	HET
SBS	Chr3	25044447	G-A	HET
SBS	Chr3	27731676	A-T	Homo
SBS	Chr3	7812897	G-A	HET
SBS	Chr4	10686214	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19240
SBS	Chr4	13684900	C-A	HET
SBS	Chr4	18509014	A-G	HET
SBS	Chr4	18761428	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g31360
SBS	Chr4	32580731	T-C	HET
SBS	Chr5	13905000	G-A	HET
SBS	Chr5	1573103	G-A	HET
SBS	Chr5	25975929	A-T	HET
SBS	Chr6	11774160	A-G	HET
SBS	Chr6	24030586	G-T	HET
SBS	Chr6	8080208	G-T	HET
SBS	Chr7	24375185	C-A	Homo
SBS	Chr7	29427190	G-C	HET
SBS	Chr7	9985943	G-A	HET
SBS	Chr8	10948993	A-T	Homo
SBS	Chr8	3228899	T-A	HET
SBS	Chr8	7581685	T-G	Homo
SBS	Chr8	7970849	G-C	Homo
SBS	Chr9	19175747	T-A	HET
SBS	Chr9	19560917	G-A	HET
SBS	Chr9	20288843	T-G	HET
SBS	Chr9	20564720	A-T	Homo

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1832665	1832672	7
Deletion	Chr6	8188586	8188588	2
Deletion	Chr1	8218589	8218590	1
Deletion	Chr11	8247409	8247411	2	LOC_Os11g14630
Deletion	Chr3	8448022	8448035	13
Deletion	Chr11	16671608	16671609	1
Deletion	Chr4	17376001	17601000	224999	23
Deletion	Chr10	18732332	18732333	1
Deletion	Chr8	19045724	19045727	3	LOC_Os08g30850
Deletion	Chr5	26009564	26009565	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	38126198	38126198	1
Insertion	Chr4	34971512	34971513	2
Insertion	Chr6	12398587	12398588	2
Insertion	Chr7	12164074	12164074	1
Insertion	Chr8	1346049	1346050	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	73151	73409	2
Inversion	Chr5	3484953	3485320	LOC_Os05g06690
Inversion	Chr2	8954436	8954730
Inversion	Chr7	21653075	21653424	2
Inversion	Chr5	27637397	27637566

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	238852	Chr1	15178322	LOC_Os11g01380
Translocation	Chr8	5022446	Chr6	9640254	2
Translocation	Chr8	6527147	Chr4	1143520
Translocation	Chr7	13502512	Chr1	18684006
Translocation	Chr11	13737822	Chr10	8063135	2
Translocation	Chr10	16597167	Chr5	28643813
Translocation	Chr10	16604802	Chr1	15178305

Main menu