Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2223-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2223-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1625695	A-T	HET
SBS	Chr1	6976049	C-T	HET
SBS	Chr1	10835917	G-A	HET
SBS	Chr1	13138770	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g23370
SBS	Chr1	14877089	C-T	Homo
SBS	Chr1	20144189	T-A	Homo
SBS	Chr1	21401828	T-G	Homo
SBS	Chr2	1769781	C-T	HET
SBS	Chr2	4070915	G-A	HET
SBS	Chr2	21875636	T-C	HET
SBS	Chr3	4769442	G-A	HET
SBS	Chr3	16137757	G-T	Homo
SBS	Chr3	16826462	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g29520
SBS	Chr3	23608456	G-A	Homo
SBS	Chr4	6546033	G-A	Homo
SBS	Chr4	8103030	C-T	HET
SBS	Chr4	14771726	C-T	HET
SBS	Chr4	19054506	G-A	HET
SBS	Chr4	23458096	G-A	HET
SBS	Chr4	25047376	G-A	HET
SBS	Chr4	26883181	G-C	HET
SBS	Chr5	8562474	G-T	Homo
SBS	Chr5	8840658	G-A	HET
SBS	Chr5	15176473	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26100
SBS	Chr5	22894813	C-T	HET
SBS	Chr6	936846	C-T	HET
SBS	Chr6	936854	A-T	HET
SBS	Chr6	3262870	A-G	HET
SBS	Chr6	4472695	G-A	HET
SBS	Chr6	6784935	G-T	Homo
SBS	Chr6	21292705	A-T	Homo
SBS	Chr6	21292706	C-T	Homo
SBS	Chr6	27926827	C-T	HET
SBS	Chr7	594764	A-T	HET
SBS	Chr7	1065828	A-G	HET
SBS	Chr7	10493077	G-A	HET
SBS	Chr7	12351327	G-A	HET
SBS	Chr7	18752793	G-A	HET
SBS	Chr8	3729749	A-G	HET
SBS	Chr9	1419336	A-G	HET
SBS	Chr9	4852850	A-T	HET
SBS	Chr9	9265187	G-A	HET
SBS	Chr9	17162804	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g28260
SBS	Chr10	1782460	T-C	HET
SBS	Chr10	1821373	A-G	HET
SBS	Chr10	1887807	G-C	HET
SBS	Chr10	3950876	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g07460
SBS	Chr10	8847055	G-T	HET
SBS	Chr10	9966266	G-A	HET
SBS	Chr10	10663320	T-A	HET
SBS	Chr10	12707668	C-T	HET
SBS	Chr11	8403512	C-T	HET
SBS	Chr11	9536403	G-A	HET
SBS	Chr11	10564802	T-G	HET
SBS	Chr11	11144099	G-A	HET
SBS	Chr11	12588808	C-T	HET
SBS	Chr11	15882963	G-C	HET
SBS	Chr11	18153964	G-A	HET
SBS	Chr11	19232748	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32600
SBS	Chr11	23628673	C-G	HET
SBS	Chr12	17333145	A-C	Homo

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	443444	443454	10
Deletion	Chr12	1919645	1919648	3
Deletion	Chr8	3728778	3728783	5
Deletion	Chr1	4835711	4835714	3
Deletion	Chr4	5121567	5121568	1
Deletion	Chr7	14656095	14656096	1
Deletion	Chr3	15976768	15976788	20
Deletion	Chr11	16179001	16247000	67999	8
Deletion	Chr9	16752459	16752469	10
Deletion	Chr9	18714524	18714533	9
Deletion	Chr10	18789480	18789482	2
Deletion	Chr6	20322923	20322924	1
Deletion	Chr7	21223276	21223281	5
Deletion	Chr3	21321919	21321927	8	LOC_Os03g38410
Deletion	Chr3	22642645	22642647	2	LOC_Os03g40720
Deletion	Chr6	22946888	22946907	19
Deletion	Chr5	23988505	23988506	1
Deletion	Chr2	25824630	25824650	20
Deletion	Chr7	26298321	26298331	10
Deletion	Chr7	26645680	26645693	13
Deletion	Chr7	26717451	26717466	15
Deletion	Chr2	26792723	26792725	2
Deletion	Chr8	28247851	28247853	2
Deletion	Chr3	30311213	30311215	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr6	11768306	11768307	2
Insertion	Chr8	11430174	11430175	2

No Inversion

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	25567088	Chr1	36245230

Main menu

You are here

Search Results