Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19106605	G-A	Homo
SBS	Chr1	22645280	G-A	Homo
SBS	Chr1	25527885	T-C	HET
SBS	Chr1	31607431	T-A	HET
SBS	Chr1	34610465	C-T	HET
SBS	Chr10	14031023	T-A	HET
SBS	Chr10	23018061	A-G	HET
SBS	Chr10	6911758	T-A	HET
SBS	Chr10	8516161	T-A	HET
SBS	Chr11	17480993	G-A	HET
SBS	Chr11	17772151	A-C	HET
SBS	Chr11	18726726	G-A	HET
SBS	Chr11	18878803	G-T	HET
SBS	Chr12	12418106	T-C	HET
SBS	Chr12	16662062	C-T	HET
SBS	Chr12	6614269	G-A	HET
SBS	Chr2	14482519	C-A	HET
SBS	Chr3	13246516	G-A	Homo
SBS	Chr3	19267633	G-A	Homo
SBS	Chr3	25399985	G-A	HET
SBS	Chr3	27376629	A-G	Homo
SBS	Chr4	11903889	G-A	HET
SBS	Chr4	26363931	A-T	Homo
SBS	Chr4	33504693	G-T	HET
SBS	Chr4	569718	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g01910
SBS	Chr5	1178476	C-G	Homo
SBS	Chr5	15278792	C-T	HET
SBS	Chr5	2368620	G-A	Homo
SBS	Chr5	27319661	T-G	HET
SBS	Chr6	24126220	A-G	HET
SBS	Chr6	28931565	A-G	HET
SBS	Chr6	9681069	A-G	HET
SBS	Chr7	28498883	T-C	HET
SBS	Chr7	53507	T-G	Homo
SBS	Chr9	12178239	A-C	HET
SBS	Chr9	19415328	A-C	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	2967684	2967692	8	LOC_Os05g05920
Deletion	Chr10	7394001	7508000	113999	18
Deletion	Chr6	8678877	8679329	452
Deletion	Chr7	18697990	18698021	31
Deletion	Chr3	22736064	22736070	6
Deletion	Chr5	24677775	24677778	3	LOC_Os05g42210
Deletion	Chr4	25163140	25163156	16
Deletion	Chr1	25888932	25888946	14
Deletion	Chr11	27169592	27169593	1	LOC_Os11g44890
Deletion	Chr4	34943177	34943180	3

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	14987911	14987913	3
Insertion	Chr5	22764162	22764163	2
Insertion	Chr9	21455305	21455306	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	6816736	7395235	LOC_Os10g12240
Inversion	Chr10	6816743	7503803	LOC_Os10g12240

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	9487789	Chr6	12598602
Translocation	Chr3	11386723	Chr2	11707466	2
Translocation	Chr9	13196163	Chr6	27970697	2
Translocation	Chr10	13367222	Chr1	25286864
Translocation	Chr10	13367285	Chr1	25286977
Translocation	Chr10	14026882	Chr9	8685670	2
Translocation	Chr10	14038887	Chr9	8685663	2
Translocation	Chr10	18136795	Chr2	12054433
Translocation	Chr10	18136811	Chr2	12053689
Translocation	Chr8	19754201	Chr1	24031476
Translocation	Chr9	21260004	Chr8	24138961
Translocation	Chr11	27850832	Chr1	3225404	2

Main menu