Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16382231	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g29230
SBS	Chr1	7624767	G-A	Homo
SBS	Chr10	19972756	T-A	HET
SBS	Chr10	3362893	C-T	Homo
SBS	Chr10	5239217	G-A	HET
SBS	Chr11	17322902	C-T	HET
SBS	Chr11	3482072	C-T	HET
SBS	Chr11	7617691	C-T	HET
SBS	Chr12	120439	C-G	HET
SBS	Chr12	13950622	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g24450
SBS	Chr2	2126209	C-A	HET
SBS	Chr2	2126210	G-A	HET
SBS	Chr3	2478880	C-T	HET
SBS	Chr3	33861350	G-A	HET
SBS	Chr3	8585511	T-A	HET
SBS	Chr3	8585512	G-A	HET
SBS	Chr4	21215720	A-G	HET
SBS	Chr4	22888411	G-A	HET
SBS	Chr4	32233258	A-G	HET
SBS	Chr5	14705957	C-T	Homo
SBS	Chr5	14705965	G-T	Homo
SBS	Chr5	21202872	G-A	HET
SBS	Chr5	24990095	T-A	HET
SBS	Chr5	24990098	T-A	HET
SBS	Chr5	24990100	G-A	HET
SBS	Chr5	25057906	T-A	HET
SBS	Chr5	25057907	T-A	HET
SBS	Chr5	25057909	T-A	HET
SBS	Chr5	2783108	A-G	HET
SBS	Chr6	28804386	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47570
SBS	Chr7	7784587	G-T	HET
SBS	Chr7	9121285	G-A	HET
SBS	Chr8	12674318	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21230
SBS	Chr8	18563046	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g30200
SBS	Chr8	26296526	T-G	HET
SBS	Chr9	14003199	T-A	HET
SBS	Chr9	14512954	T-A	HET
SBS	Chr9	21661930	A-G	Homo
SBS	Chr9	5639885	C-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	807083	807100	17
Deletion	Chr4	5887427	5887428	1	LOC_Os04g10850
Deletion	Chr6	6635477	6635487	10
Deletion	Chr11	12083937	12083940	3
Deletion	Chr7	20964670	20964674	4	LOC_Os07g34990
Deletion	Chr6	22121402	22121404	2
Deletion	Chr12	24016480	24016482	2
Deletion	Chr7	24427373	24427374	1	LOC_Os07g40760
Deletion	Chr5	25220001	25279000	58999	11
Deletion	Chr7	27566592	27566603	11
Deletion	Chr6	31087324	31087329	5	LOC_Os06g51330

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	35992359	35992360	2
Insertion	Chr2	13865272	13865277	6
Insertion	Chr3	24787286	24787286	1
Insertion	Chr4	20197871	20197940	70
Insertion	Chr4	8670491	8670491	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	18293264	18752181	2
Inversion	Chr9	18293268	18752175	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	6015144	Chr8	7185780
Translocation	Chr12	19905296	Chr5	24824900	LOC_Os12g32950
Translocation	Chr12	19905849	Chr5	24824901	LOC_Os12g32950
Translocation	Chr9	21552342	Chr2	34253054	LOC_Os09g37310
Translocation	Chr2	25284977	Chr1	12528665
Translocation	Chr11	26698412	Chr2	18310836

Main menu