Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20184106	G-A	HET
SBS	Chr1	31160941	C-T	Homo
SBS	Chr1	37893524	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g65320
SBS	Chr1	5189564	C-A	HET
SBS	Chr1	6418307	G-A	Homo
SBS	Chr10	12697557	C-G	Homo
SBS	Chr10	1819338	G-A	HET
SBS	Chr10	2887125	T-G	HET
SBS	Chr11	21146044	G-A	HET
SBS	Chr12	19720523	T-C	HET
SBS	Chr2	16697007	C-A	HET
SBS	Chr2	20547996	G-A	HET
SBS	Chr2	20547997	G-A	HET
SBS	Chr2	20548001	T-A	HET
SBS	Chr2	20599652	G-A	HET
SBS	Chr2	26765857	G-A	HET
SBS	Chr3	32949553	A-G	HET
SBS	Chr3	33197966	C-G	HET
SBS	Chr3	4895715	T-C	HET
SBS	Chr3	8004632	A-G	HET
SBS	Chr3	9233155	G-A	HET
SBS	Chr4	10676258	A-C	Homo
SBS	Chr4	19868053	G-C	HET
SBS	Chr4	21749586	G-A	HET
SBS	Chr4	25712365	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43440
SBS	Chr4	7057064	G-T	HET
SBS	Chr6	15728610	G-A	HET
SBS	Chr6	9862661	C-T	HET
SBS	Chr6	9880558	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g17040
SBS	Chr7	12688020	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g22550
SBS	Chr7	14995053	T-A	HET
SBS	Chr7	3744454	C-T	HET
SBS	Chr8	5812806	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g10030
SBS	Chr8	7031520	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11980
SBS	Chr9	20055852	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g33970
SBS	Chr9	20802058	G-T	HET
SBS	Chr9	8759909	G-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	614294	614296	2
Deletion	Chr11	8210001	8376000	165999	29
Deletion	Chr11	8416001	8557000	140999	22
Deletion	Chr11	8700001	8775000	74999	11
Deletion	Chr8	11209419	11210414	995	LOC_Os08g18780
Deletion	Chr3	13202423	13202434	11
Deletion	Chr10	14502832	14502833	1	LOC_Os10g27990
Deletion	Chr6	17335168	17335174	6
Deletion	Chr10	18976757	18976760	3
Deletion	Chr5	20427842	20427848	6
Deletion	Chr6	23696924	23696925	1
Deletion	Chr3	25794334	25794335	1
Deletion	Chr7	26828531	26828532	1
Deletion	Chr2	30606206	30606207	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	15780243	15780244	2
Insertion	Chr5	5150992	5150995	4
Insertion	Chr6	21204836	21204836	1
Insertion	Chr6	21857133	21857133	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	10071497	10108813	2
Inversion	Chr12	10071569	10108807	2
Inversion	Chr3	33502319	33694522	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1207	Chr2	151
Translocation	Chr9	3001013	Chr3	16253362
Translocation	Chr4	6910503	Chr3	33694526	2
Translocation	Chr4	6931538	Chr3	33502323	2
Translocation	Chr11	8777367	Chr3	16253767
Translocation	Chr12	13547459	Chr11	22973797	2
Translocation	Chr7	17141775	Chr6	16283303	LOC_Os07g29240

Main menu