Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	40194540	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g69140
SBS	Chr10	17052388	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g32550
SBS	Chr10	21197168	G-T	HET
SBS	Chr10	21737326	G-A	HET
SBS	Chr10	21737329	A-T	HET
SBS	Chr10	21737330	G-T	HET
SBS	Chr10	21737587	C-T	HET
SBS	Chr10	21737588	A-T	HET
SBS	Chr10	2415633	G-T	HET
SBS	Chr10	3230569	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g06290
SBS	Chr10	4987903	G-A	HET
SBS	Chr11	12918286	A-T	HET
SBS	Chr11	14636021	G-A	HET
SBS	Chr12	17633908	T-G	Homo
SBS	Chr12	7417691	G-A	Homo
SBS	Chr12	9531072	G-C	HET
SBS	Chr2	15302733	C-G	HET
SBS	Chr2	25066393	A-G	HET
SBS	Chr4	1936500	T-C	HET
SBS	Chr4	4869352	G-A	HET
SBS	Chr4	8356064	C-T	HET
SBS	Chr6	13890972	C-T	HET
SBS	Chr6	13926023	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g23830
SBS	Chr6	27971793	G-A	HET
SBS	Chr6	577368	G-A	HET
SBS	Chr6	6746430	G-A	Homo
SBS	Chr7	16854274	G-T	HET
SBS	Chr7	2181474	C-A	HET
SBS	Chr7	23723223	G-A	HET
SBS	Chr7	23723224	G-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os07g39590
SBS	Chr7	24004742	G-A	HET
SBS	Chr7	27807155	G-A	HET
SBS	Chr7	301445	T-A	HET
SBS	Chr8	11364724	C-T	HET
SBS	Chr8	25116155	A-G	Homo
SBS	Chr8	3191235	C-G	HET
SBS	Chr9	19535677	T-C	HET
SBS	Chr9	6714202	T-C	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1730926	1730927	1
Deletion	Chr1	3316510	3316513	3
Deletion	Chr7	5241831	5241833	2
Deletion	Chr12	5294362	5294364	2	LOC_Os12g09990
Deletion	Chr4	7127616	7127617	1
Deletion	Chr5	14290285	14290286	1
Deletion	Chr10	16524917	16524920	3
Deletion	Chr4	29551232	29551348	116
Deletion	Chr1	30532875	30532881	6

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	30576706	30576707	2
Insertion	Chr7	29484391	29484399	9

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	2798945	2867005	2
Inversion	Chr2	2867009	2931676	2
Inversion	Chr9	17054033	17709091	LOC_Os09g28090

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	10470493	Chr4	8374866	2
Translocation	Chr8	14736388	Chr7	5213018
Translocation	Chr11	28407661	Chr9	407955	LOC_Os11g47240

Main menu