Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1221627	C-T	Homo
SBS	Chr1	18401085	A-G	HET
SBS	Chr1	18401090	A-C	HET
SBS	Chr1	26956648	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g47160
SBS	Chr1	31472822	T-A	Homo
SBS	Chr1	32594990	A-C	HET
SBS	Chr1	4757132	G-T	HET
SBS	Chr10	16774938	T-C	HET
SBS	Chr11	11307815	C-A	HET
SBS	Chr11	21996804	C-T	HET
SBS	Chr11	3267230	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g06700
SBS	Chr11	3438733	C-G	HET
SBS	Chr12	10171986	C-T	HET
SBS	Chr12	1539205	G-A	HET
SBS	Chr12	18086311	T-C	HET
SBS	Chr2	13612868	C-T	HET
SBS	Chr2	18041619	G-A	HET
SBS	Chr2	20676803	G-A	Homo
SBS	Chr2	27753953	C-T	HET
SBS	Chr2	27753954	T-A	HET
SBS	Chr2	28468991	A-G	Homo
SBS	Chr3	24070332	T-C	HET
SBS	Chr3	2478312	C-A	HET
SBS	Chr4	10044147	C-A	HET
SBS	Chr4	13120315	G-A	Homo
SBS	Chr4	13494850	T-A	HET
SBS	Chr4	14018277	T-C	HET
SBS	Chr4	21081921	T-C	HET
SBS	Chr4	21810727	T-C	HET
SBS	Chr4	2861842	C-T	HET
SBS	Chr4	31061388	C-T	HET
SBS	Chr5	15277651	G-T	HET
SBS	Chr5	15277652	A-T	HET
SBS	Chr5	16552595	T-G	Homo
SBS	Chr5	27243657	C-G	HET
SBS	Chr5	7484934	G-A	HET
SBS	Chr5	7490704	C-G	HET
SBS	Chr6	1387574	T-C	HET
SBS	Chr6	15264743	C-T	HET
SBS	Chr6	25530706	A-G	HET
SBS	Chr6	29537278	G-A	HET
SBS	Chr7	10185576	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17260
SBS	Chr7	22749927	T-A	HET
SBS	Chr7	27178423	C-T	HET
SBS	Chr8	25815746	C-T	Homo
SBS	Chr9	10044857	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g16430
SBS	Chr9	8273446	A-G	Homo

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	3285177	3285183	6
Deletion	Chr4	4968865	4968868	3
Deletion	Chr9	6170214	6170219	5
Deletion	Chr5	6261436	6261453	17
Deletion	Chr7	8431629	8431641	12
Deletion	Chr11	8457988	8457997	9	LOC_Os11g15030
Deletion	Chr10	9148521	9148522	1
Deletion	Chr3	9326810	9326819	9
Deletion	Chr10	10975069	10975070	1
Deletion	Chr11	17984216	17984217	1
Deletion	Chr7	18941047	18941053	6
Deletion	Chr8	20097261	20097280	19
Deletion	Chr11	20605016	20605020	4
Deletion	Chr3	23819198	23819199	1
Deletion	Chr7	25872714	25872729	15
Deletion	Chr3	27075575	27075576	1
Deletion	Chr7	27573175	27573185	10
Deletion	Chr1	32795001	32802000	6999
Deletion	Chr2	34444415	34444419	4
Deletion	Chr1	39922007	39922008	1
Deletion	Chr1	40256105	40256116	11

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	11271297	11271299	3
Insertion	Chr11	15303761	15303764	4	LOC_Os11g26720
Insertion	Chr2	17454917	17454918	2
Insertion	Chr2	27283863	27283864	2
Insertion	Chr2	7458562	7458566	5
Insertion	Chr2	9998867	9998868	2
Insertion	Chr6	10436398	10436399	2

No Inversion

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr2	2071719	Chr1	1500254	2
Translocation	Chr11	15950035	Chr1	14847997
Translocation	Chr6	22658312	Chr1	300011	LOC_Os06g38294
Translocation	Chr10	22890526	Chr6	18908693
Translocation	Chr7	27333766	Chr3	8528708
Translocation	Chr11	28186815	Chr3	6490614

Main menu