Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 22

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5781005	A-G	HET
SBS	Chr10	3308685	C-G	Homo
SBS	Chr10	4879393	G-A	HET
SBS	Chr10	8513525	G-A	HET
SBS	Chr11	26622827	T-C	HET
SBS	Chr2	16355883	A-C	Homo
SBS	Chr2	19327467	T-C	HET
SBS	Chr2	35222143	A-G	HET
SBS	Chr4	10795501	C-T	HET
SBS	Chr5	28410625	C-T	HET
SBS	Chr6	27315131	C-T	HET
SBS	Chr6	27315132	T-C	HET
SBS	Chr7	12473897	C-T	HET
SBS	Chr7	12473905	A-G	HET
SBS	Chr7	18961334	C-T	HET
SBS	Chr7	828702	C-A	Homo
SBS	Chr9	1084337	T-G	HET
SBS	Chr9	193843	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g01230
SBS	Chr9	21883045	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g37949
SBS	Chr9	21961313	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g38120
SBS	Chr9	2947997	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06290
SBS	Chr9	489466	G-A	HET

Deletions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr9	9816077	9816082	5
Deletion	Chr12	19936948	19936956	8
Deletion	Chr7	26975279	26975288	9

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	21558476	21558479	4
Insertion	Chr10	10194732	10194760	29
Insertion	Chr10	22956728	22956728	1
Insertion	Chr4	10575288	10575289	2
Insertion	Chr4	13544345	13544345	1
Insertion	Chr5	3872587	3872597	11

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	1508454	1703228	LOC_Os03g03490
Inversion	Chr3	1508467	1703230	LOC_Os03g03490

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3115399	Chr5	24535893
Translocation	Chr8	4306960	Chr6	25086676
Translocation	Chr11	6995380	Chr6	21780167
Translocation	Chr11	7846104	Chr1	950398	2
Translocation	Chr9	8146703	Chr8	19798043	2
Translocation	Chr9	10256210	Chr7	1473111
Translocation	Chr12	13141121	Chr7	10236184
Translocation	Chr8	16320716	Chr5	3090325	LOC_Os08g26840
Translocation	Chr8	16791549	Chr4	3037788	LOC_Os08g27520

Main menu