Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10077085	G-A	HET
SBS	Chr1	10987156	G-A	Homo
SBS	Chr1	16940253	G-A	HET
SBS	Chr1	17116821	G-A	Homo
SBS	Chr1	17116823	T-C	Homo
SBS	Chr1	27175618	C-A	HET
SBS	Chr10	16735927	G-A	HET
SBS	Chr10	66235	C-A	HET
SBS	Chr11	15689402	A-C	HET
SBS	Chr11	18885269	A-G	HET
SBS	Chr11	25557338	C-T	HET
SBS	Chr11	8216108	T-C	HET
SBS	Chr12	20995856	C-A	HET
SBS	Chr12	3470554	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g07080
SBS	Chr2	26164771	C-T	HET
SBS	Chr2	26791662	A-T	HET
SBS	Chr3	15802928	G-A	HET
SBS	Chr3	30312317	C-T	HET
SBS	Chr3	499610	G-T	HET
SBS	Chr4	10667075	C-T	HET
SBS	Chr4	15073767	T-C	HET
SBS	Chr4	15476738	C-T	HET
SBS	Chr4	16662340	T-A	HET
SBS	Chr4	27669166	C-T	HET
SBS	Chr5	14171272	G-A	HET
SBS	Chr5	18093556	G-T	HET
SBS	Chr5	23021902	A-C	HET
SBS	Chr5	23640298	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g40250
SBS	Chr5	24006492	G-A	HET
SBS	Chr5	4219100	G-A	HET
SBS	Chr5	5038143	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g09070
SBS	Chr5	7064636	A-T	HET
SBS	Chr5	843459	G-T	HET
SBS	Chr6	25451093	G-C	HET
SBS	Chr6	8621751	A-T	HET
SBS	Chr7	10068695	C-G	HET
SBS	Chr7	14960388	G-A	HET
SBS	Chr7	26562444	A-G	HET
SBS	Chr7	7189420	A-T	HET
SBS	Chr8	1058668	T-C	Homo
SBS	Chr8	22110629	C-T	HET
SBS	Chr8	22110630	C-T	HET
SBS	Chr8	9221906	A-G	Homo
SBS	Chr9	12967143	G-A	Homo
SBS	Chr9	1656830	G-C	HET
SBS	Chr9	2407599	C-G	HET
SBS	Chr9	6566685	G-A	HET
SBS	Chr9	9754910	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g15960

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	749568	749570	2
Deletion	Chr10	2959284	2959288	4	LOC_Os10g05860
Deletion	Chr1	7821753	7821755	2
Deletion	Chr4	8484547	8484550	3
Deletion	Chr1	11106837	11106839	2	LOC_Os01g19600
Deletion	Chr2	11427579	11427581	2
Deletion	Chr2	12044542	12044545	3
Deletion	Chr2	12058839	12058866	27
Deletion	Chr2	12076132	12076145	13	LOC_Os02g20470
Deletion	Chr8	14144239	14144241	2	LOC_Os08g23400
Deletion	Chr4	14557154	14557164	10
Deletion	Chr5	15003510	15003514	4
Deletion	Chr4	15426316	15426317	1
Deletion	Chr2	16836846	16836855	9
Deletion	Chr1	17729787	17729791	4
Deletion	Chr11	18643597	18643599	2
Deletion	Chr12	20751813	20751826	13
Deletion	Chr6	21056718	21056720	2	LOC_Os06g36020
Deletion	Chr6	22276617	22276631	14
Deletion	Chr11	22367514	22367515	1	LOC_Os11g37780
Deletion	Chr8	23691429	23691439	10
Deletion	Chr5	23840423	23840424	1	LOC_Os05g40650
Deletion	Chr1	24736563	24736566	3
Deletion	Chr5	26513544	26513546	2	LOC_Os05g45779
Deletion	Chr12	26860186	26860187	1
Deletion	Chr5	27173528	27173530	2
Deletion	Chr11	27994283	27994284	1	LOC_Os11g46230
Deletion	Chr3	31738027	31738029	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	20018107	20018108	2
Insertion	Chr12	10799273	10799274	2
Insertion	Chr12	25114842	25114843	2
Insertion	Chr3	22759606	22759611	6
Insertion	Chr5	8058122	8058122	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	5161034	5413356	2
Inversion	Chr7	12812272	13293673	LOC_Os07g22720
Inversion	Chr7	13306300	13719379

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	14290459	Chr7	22952358	2
Translocation	Chr4	20214654	Chr1	11799235

Main menu