Search Nipponbare

Mutant Information

SOS indicates the sequenced line is sterile and seeds from siblings are available.

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13144503	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g23380
SBS	Chr1	21920074	C-T	HET
SBS	Chr1	2678691	C-T	HET
SBS	Chr1	28723860	G-C	HET
SBS	Chr1	7108848	A-T	HET
SBS	Chr11	27411285	T-C	HET
SBS	Chr11	4004836	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g07850
SBS	Chr11	512770	C-T	HET
SBS	Chr11	795985	T-G	Homo
SBS	Chr12	13041161	T-A	HET
SBS	Chr12	16347874	G-T	HET
SBS	Chr12	18193598	T-G	HET
SBS	Chr12	7532384	C-T	HET
SBS	Chr12	9596896	G-A	HET
SBS	Chr2	10925191	T-A	Homo
SBS	Chr2	4650923	C-T	Homo
SBS	Chr2	9882680	C-A	Homo
SBS	Chr3	19802970	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g35740
SBS	Chr3	1987874	T-C	Homo
SBS	Chr3	23706154	G-A	HET
SBS	Chr3	25745571	C-T	HET
SBS	Chr3	25745572	G-T	HET
SBS	Chr3	28133823	C-T	HET
SBS	Chr3	34195113	C-G	HET
SBS	Chr4	16336552	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g27630
SBS	Chr4	16407903	T-C	HET
SBS	Chr4	5351886	A-T	HET
SBS	Chr5	15371053	G-A	HET
SBS	Chr5	25452449	T-C	HET
SBS	Chr6	14842727	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g25340
SBS	Chr6	14860784	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25370
SBS	Chr6	17829007	G-A	HET
SBS	Chr6	26991005	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g44710
SBS	Chr6	3724580	T-C	HET
SBS	Chr6	9397178	T-G	HET
SBS	Chr6	9697967	C-T	HET
SBS	Chr7	11750274	G-A	HET
SBS	Chr7	14692913	C-T	HET
SBS	Chr7	2851654	G-A	HET
SBS	Chr8	1488490	C-T	Homo
SBS	Chr9	3545029	G-A	HET
SBS	Chr9	3908623	G-A	HET
SBS	Chr9	5085313	C-G	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1891992	1891993	1	LOC_Os06g04410
Deletion	Chr2	7154147	7154151	4
Deletion	Chr2	8323680	8323695	15
Deletion	Chr7	11986830	11986833	3	LOC_Os07g20720
Deletion	Chr11	13571000	13571001	1
Deletion	Chr12	13923988	13923989	1
Deletion	Chr7	15537286	15537294	8
Deletion	Chr1	23162168	23162170	2

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	1315021	1315022	2
Insertion	Chr10	9180137	9180142	6
Insertion	Chr11	27010692	27010692	1
Insertion	Chr3	27219007	27219007	1
Insertion	Chr4	33462928	33462928	1	LOC_Os04g56160
Insertion	Chr4	35261571	35261571	1
Insertion	Chr5	21807624	21807624	1	LOC_Os05g37270
Insertion	Chr8	15740446	15740448	3
Insertion	Chr8	25824153	25824154	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	19534497	19921712	LOC_Os06g33549

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	14431665	Chr4	13241674
Translocation	Chr12	18589125	Chr1	39127888

Main menu