Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2268-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2268-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 64

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	588632	A-G	Homo
SBS	Chr1	28962461	C-T	HET
SBS	Chr1	36624220	G-A	HET
SBS	Chr1	36624228	G-A	HET
SBS	Chr1	38315826	T-C	HET
SBS	Chr1	40605266	T-A	HET
SBS	Chr2	6913693	A-G	HET
SBS	Chr2	15304650	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26070
SBS	Chr2	21164700	G-A	HET
SBS	Chr2	22588121	G-A	HET
SBS	Chr2	30586619	C-A	HET
SBS	Chr3	588996	C-T	HET
SBS	Chr3	2456169	G-A	HET
SBS	Chr3	17119456	C-T	HET
SBS	Chr3	18699629	G-C	Homo
SBS	Chr3	21752551	C-T	HET
SBS	Chr3	22769266	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g40970
SBS	Chr3	28984926	A-G	HET
SBS	Chr3	29566207	G-A	HET
SBS	Chr4	1852027	C-T	Homo
SBS	Chr4	3456454	C-G	HET
SBS	Chr4	10363856	C-T	Homo
SBS	Chr4	10743446	G-C	HET
SBS	Chr4	13066973	C-T	HET
SBS	Chr4	14547660	G-A	Homo
SBS	Chr4	15954451	G-T	Homo
SBS	Chr4	16267300	T-C	HET
SBS	Chr4	20909123	G-A	HET
SBS	Chr5	263456	G-T	HET
SBS	Chr5	3097518	T-A	HET
SBS	Chr5	3579783	C-T	Homo
SBS	Chr5	7213673	T-G	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os05g12570
SBS	Chr5	24593748	C-T	HET
SBS	Chr6	17817503	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30720
SBS	Chr6	23065677	C-T	HET
SBS	Chr6	27300988	A-C	Homo
SBS	Chr7	8021996	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14060
SBS	Chr7	13389734	C-T	HET
SBS	Chr7	15164580	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g26390
SBS	Chr7	16728006	G-A	HET
SBS	Chr7	27599454	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g46250
SBS	Chr8	5029235	G-A	HET
SBS	Chr8	13957383	G-A	Homo
SBS	Chr8	16532408	T-C	Homo
SBS	Chr9	3615469	G-A	HET
SBS	Chr9	8584317	T-C	HET
SBS	Chr9	13633318	A-T	HET
SBS	Chr9	15493254	G-C	HET
SBS	Chr10	11797819	C-G	HET
SBS	Chr10	14520324	T-C	HET
SBS	Chr10	22898760	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g42470
SBS	Chr11	372926	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g01670
SBS	Chr11	372927	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g01670
SBS	Chr11	9016760	C-T	HET
SBS	Chr11	14061650	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g24650
SBS	Chr11	14481079	A-C	Homo
SBS	Chr11	18906562	A-G	HET
SBS	Chr11	22360108	G-A	HET
SBS	Chr12	11324832	G-A	HET
SBS	Chr12	12970285	T-C	HET
SBS	Chr12	14078328	A-G	HET
SBS	Chr12	15155559	T-C	HET
SBS	Chr12	15580181	T-G	HET
SBS	Chr12	26811094	G-T	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1439001	1448000	8999	2
Deletion	Chr3	2229961	2229962	1
Deletion	Chr5	3984339	3984350	11
Deletion	Chr3	4024048	4024050	2
Deletion	Chr7	5292935	5292938	3	LOC_Os07g09940
Deletion	Chr1	6498310	6498318	8
Deletion	Chr7	9987709	9987716	7
Deletion	Chr7	10256742	10256750	8
Deletion	Chr3	13282472	13282475	3
Deletion	Chr8	13624985	13625025	40	LOC_Os08g22650
Deletion	Chr1	15215445	15215453	8
Deletion	Chr1	16217001	16254000	36999	8
Deletion	Chr1	16257001	16343000	85999	15
Deletion	Chr5	17915001	18209000	293999	41
Deletion	Chr10	18084679	18084680	1
Deletion	Chr5	18291001	18300000	8999	LOC_Os05g31450
Deletion	Chr5	18337001	18855000	517999	79
Deletion	Chr1	23833984	23833995	11
Deletion	Chr6	23881473	23881478	5
Deletion	Chr8	26019213	26019214	1
Deletion	Chr8	27625588	27625590	2
Deletion	Chr6	28565964	28565968	4
Deletion	Chr1	34081963	34081964	1
Deletion	Chr2	35195807	35195824	17

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	25575141	25575141	1
Insertion	Chr5	27309606	27309609	4
Insertion	Chr9	16836047	16836048	2	LOC_Os09g27660
Insertion	Chr10	15327851	15327851	1
Insertion	Chr11	4077167	4077168	2
Insertion	Chr2	361573	361573	1	LOC_Os02g01630
Insertion	Chr12	11336483	11336483	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	26520038	27256164
Inversion	Chr5	26520065	27256172

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	18197891	Chr2	15305323	2

Main menu

You are here

Search Results