Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16304316	C-T	HET
SBS	Chr1	17371129	G-A	HET
SBS	Chr1	17576455	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g32110
SBS	Chr1	34816665	G-A	HET
SBS	Chr10	23168800	C-T	HET
SBS	Chr10	3661805	C-T	HET
SBS	Chr10	7938013	G-A	Homo
SBS	Chr11	11188850	C-T	HET
SBS	Chr11	2275798	G-A	Homo
SBS	Chr11	26301897	G-A	HET
SBS	Chr12	16483493	G-A	HET
SBS	Chr12	23184530	T-A	HET
SBS	Chr12	3384873	C-T	HET
SBS	Chr2	2764867	A-T	Homo
SBS	Chr2	32236315	C-T	HET
SBS	Chr3	19797875	C-G	HET
SBS	Chr3	21780113	C-T	HET
SBS	Chr3	25355708	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g44910
SBS	Chr3	32572146	A-G	HET
SBS	Chr3	3268638	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g06510
SBS	Chr3	33036116	G-T	HET
SBS	Chr3	3754345	G-A	HET
SBS	Chr3	9466533	C-A	HET
SBS	Chr4	13296472	G-A	HET
SBS	Chr4	13346146	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23360
SBS	Chr4	13482998	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23570
SBS	Chr4	13929062	G-A	HET
SBS	Chr4	13929063	C-G	HET
SBS	Chr4	19475170	G-A	HET
SBS	Chr4	19475171	C-A	HET
SBS	Chr4	27521535	A-G	HET
SBS	Chr4	3927284	C-T	HET
SBS	Chr5	15226696	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26170
SBS	Chr5	15819833	C-T	HET
SBS	Chr5	27216529	A-G	Homo
SBS	Chr5	3889450	C-G	HET
SBS	Chr6	10618318	C-T	HET
SBS	Chr6	3379914	C-G	HET
SBS	Chr6	3948114	G-A	HET
SBS	Chr6	6036332	T-C	HET
SBS	Chr7	17917572	C-T	Homo
SBS	Chr7	6715468	G-A	HET
SBS	Chr7	6895448	C-A	HET
SBS	Chr7	7192072	G-A	HET
SBS	Chr8	16103747	A-G	HET
SBS	Chr8	16635567	T-A	HET
SBS	Chr8	17860983	G-A	HET
SBS	Chr8	27948806	A-G	HET
SBS	Chr9	14786782	A-G	HET
SBS	Chr9	7152524	C-A	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1160001	1267000	106999	17
Deletion	Chr5	4664497	4664498	1
Deletion	Chr12	4775098	4775100	2
Deletion	Chr12	5043720	5043721	1
Deletion	Chr12	5705379	5705389	10	LOC_Os12g10670
Deletion	Chr6	12071816	12071818	2
Deletion	Chr9	13985192	13985195	3
Deletion	Chr7	19966214	19966216	2
Deletion	Chr3	20782674	20782675	1
Deletion	Chr11	21972735	21972736	1
Deletion	Chr8	22296632	22296638	6
Deletion	Chr9	22431058	22431066	8
Deletion	Chr2	25450545	25450546	1
Deletion	Chr1	27669122	27669127	5
Deletion	Chr7	29383432	29383433	1	LOC_Os07g49080
Deletion	Chr6	30918510	30918517	7
Deletion	Chr1	32003856	32003865	9

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	1596388	1596390	3
Insertion	Chr3	15138760	15138780	21	LOC_Os03g26510
Insertion	Chr6	24414618	24414619	2
Insertion	Chr9	18899110	18899111	2

Inversions: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	298932	1044049
Inversion	Chr7	2563422	2771464	LOC_Os07g05490
Inversion	Chr7	2563430	2771474	LOC_Os07g05490
Inversion	Chr8	7783342	8407850	2
Inversion	Chr8	7783347	8407852	2
Inversion	Chr12	11424241	11598098	LOC_Os12g19590
Inversion	Chr12	11424243	11598102	LOC_Os12g19590
Inversion	Chr4	19412860	19700433	2
Inversion	Chr4	19413336	19700455	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	1631173	Chr2	7697978	2
Translocation	Chr7	7568435	Chr6	20509933
Translocation	Chr7	7568439	Chr2	8003184

Main menu