Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2112654	G-T	HET
SBS	Chr1	26418162	G-T	Homo
SBS	Chr10	18360672	G-A	HET
SBS	Chr10	21281284	C-A	Homo
SBS	Chr10	2167070	G-A	HET
SBS	Chr11	12908365	C-T	HET
SBS	Chr11	19387275	T-A	HET
SBS	Chr11	19387276	T-A	HET
SBS	Chr11	2482166	T-A	HET
SBS	Chr11	7539390	A-T	HET
SBS	Chr12	22439012	G-A	HET
SBS	Chr2	12272488	A-C	HET
SBS	Chr2	32234785	A-G	HET
SBS	Chr3	26599301	A-G	HET
SBS	Chr3	28192187	C-T	HET
SBS	Chr3	3279699	A-C	HET
SBS	Chr4	13485991	G-A	HET
SBS	Chr5	20407386	G-A	HET
SBS	Chr6	12776358	G-T	HET
SBS	Chr6	16379508	A-G	HET
SBS	Chr6	17912033	C-T	HET
SBS	Chr6	17912034	G-T	HET
SBS	Chr6	17912042	C-T	HET
SBS	Chr6	21340840	A-G	Homo
SBS	Chr6	27508004	T-A	HET
SBS	Chr6	27508006	T-A	HET
SBS	Chr6	7335275	G-A	HET
SBS	Chr6	752451	G-C	HET
SBS	Chr7	11335888	G-A	HET
SBS	Chr7	18682455	C-G	HET
SBS	Chr7	8531863	G-A	Homo
SBS	Chr7	9323548	G-A	HET
SBS	Chr8	1004210	G-A	Homo
SBS	Chr8	3253227	G-C	HET
SBS	Chr8	6300109	A-C	HET
SBS	Chr8	6502122	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11050
SBS	Chr8	9031989	G-A	HET
SBS	Chr9	19552827	C-T	HET
SBS	Chr9	8656631	C-T	Homo

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	78181	78182	1
Deletion	Chr8	2307262	2307264	2
Deletion	Chr8	6185660	6185671	11
Deletion	Chr7	8531698	8531700	2	LOC_Os07g14910
Deletion	Chr1	9463648	9463673	25
Deletion	Chr3	9964843	9964844	1
Deletion	Chr11	11657391	11657402	11
Deletion	Chr7	12156938	12156939	1
Deletion	Chr3	12796559	12796572	13
Deletion	Chr1	15442556	15442563	7
Deletion	Chr10	16058585	16058593	8	LOC_Os10g30832
Deletion	Chr9	16977829	16977835	6	LOC_Os09g27940
Deletion	Chr7	18133327	18133330	3
Deletion	Chr1	19979525	19979527	2	LOC_Os01g36100
Deletion	Chr11	20080915	20080925	10
Deletion	Chr11	20112365	20112372	7
Deletion	Chr6	21340988	21341020	32
Deletion	Chr6	27209150	27209156	6
Deletion	Chr6	27674167	27674176	9
Deletion	Chr1	41893131	41893132	1	LOC_Os01g72250

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	39492207	39492210	4
Insertion	Chr2	20435482	20435483	2
Insertion	Chr4	26395929	26395930	2
Insertion	Chr7	25108189	25108190	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	16738623	17174676	2

No Translocation

Main menu