Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 29

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20217971	C-T	HET
SBS	Chr1	2381520	C-T	HET
SBS	Chr1	32278598	C-T	HET
SBS	Chr11	18284911	G-A	HET
SBS	Chr11	27734860	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g45840
SBS	Chr11	9056769	C-T	Homo
SBS	Chr12	19717377	G-A	HET
SBS	Chr2	11124163	C-T	HET
SBS	Chr2	11385050	C-T	HET
SBS	Chr2	16189086	G-A	HET
SBS	Chr2	20947889	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34910
SBS	Chr2	23630107	C-T	Homo
SBS	Chr2	4070477	G-A	Homo
SBS	Chr2	4137975	G-A	Homo
SBS	Chr3	30348554	A-G	HET
SBS	Chr3	5496493	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g10770
SBS	Chr4	1464117	T-C	HET
SBS	Chr4	19589719	A-G	HET
SBS	Chr4	25090929	T-A	HET
SBS	Chr4	33349407	G-T	HET
SBS	Chr4	6778863	G-A	HET
SBS	Chr5	11912232	C-T	Homo
SBS	Chr5	24372414	T-C	Homo
SBS	Chr6	4667067	T-A	HET
SBS	Chr7	14121592	G-A	HET
SBS	Chr8	23114697	G-C	HET
SBS	Chr8	7372400	T-A	HET
SBS	Chr9	18362788	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g30170
SBS	Chr9	66545	C-T	Homo

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2690171	2690174	3
Deletion	Chr2	4072142	4072149	7
Deletion	Chr1	8019040	8019046	6
Deletion	Chr5	13002261	13002262	1
Deletion	Chr3	13706118	13706119	1
Deletion	Chr12	14305001	14354000	48999	9
Deletion	Chr12	14322266	14322267	1
Deletion	Chr4	19737691	19737703	12
Deletion	Chr5	20322752	20322754	2
Deletion	Chr2	23051652	23051659	7
Deletion	Chr8	24127049	24127050	1
Deletion	Chr2	26216384	26216394	10

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	16487482	16487485	4
Insertion	Chr3	9570690	9570727	38
Insertion	Chr4	23014572	23014573	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	18117632	18992859	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	17928209	Chr3	21440143
Translocation	Chr8	18520001	Chr6	14183430	LOC_Os08g30120

Main menu