Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13187610	G-A	HET
SBS	Chr1	1363768	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g03380
SBS	Chr1	3376762	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g07150
SBS	Chr1	36102929	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g62380
SBS	Chr1	7149614	C-A	HET
SBS	Chr1	9631487	A-G	HET
SBS	Chr10	6129604	G-A	HET
SBS	Chr11	1336213	A-T	HET
SBS	Chr11	3158018	C-G	HET
SBS	Chr11	8935597	C-T	HET
SBS	Chr12	15924702	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g27130
SBS	Chr12	18025285	A-C	HET
SBS	Chr3	17954274	G-T	Homo
SBS	Chr3	26306732	G-C	Homo
SBS	Chr3	30941171	A-G	HET
SBS	Chr3	34030022	G-A	HET
SBS	Chr3	34103782	G-A	HET
SBS	Chr3	3427274	G-A	HET
SBS	Chr4	12669625	C-T	Homo
SBS	Chr4	20989058	T-A	HET
SBS	Chr4	21990324	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g36050
SBS	Chr4	8640536	G-C	Homo
SBS	Chr5	21732832	T-A	HET
SBS	Chr5	7943432	T-A	HET
SBS	Chr6	16012020	T-C	HET
SBS	Chr6	2338376	A-G	HET
SBS	Chr6	5438128	T-A	HET
SBS	Chr7	11385097	C-T	HET
SBS	Chr7	14062266	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g24720
SBS	Chr7	15472204	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g26780
SBS	Chr7	15911363	T-C	HET
SBS	Chr7	17384637	G-C	HET
SBS	Chr8	17182350	C-G	HET
SBS	Chr8	28427283	C-T	HET
SBS	Chr9	16622778	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27340
SBS	Chr9	3761729	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07510

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	112233	112252	19	LOC_Os09g01100
Deletion	Chr5	2195001	2213000	17999	4
Deletion	Chr10	5091970	5092239	269	LOC_Os10g09440
Deletion	Chr9	5891285	5891286	1
Deletion	Chr4	6055095	6055098	3
Deletion	Chr10	8169323	8169324	1
Deletion	Chr9	10312712	10312728	16	LOC_Os09g16880
Deletion	Chr1	16907493	16907495	2	LOC_Os01g30956
Deletion	Chr1	26987284	26987286	2
Deletion	Chr6	30785808	30785809	1

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	31933798	31933798	1
Insertion	Chr10	5707236	5707257	22	LOC_Os10g10380
Insertion	Chr11	2085951	2085954	4
Insertion	Chr2	23462455	23462455	1
Insertion	Chr2	7739877	7739877	1
Insertion	Chr5	2808568	2808571	4
Insertion	Chr7	21737623	21737623	1
Insertion	Chr7	24552898	24552898	1
Insertion	Chr9	14567048	14567050	3

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	6847221	6879884
Inversion	Chr10	6847229	6879903
Inversion	Chr6	12940063	13266498	2
Inversion	Chr6	12940158	13266499	2
Inversion	Chr8	12951525	12972379	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	2929577	Chr3	20535942
Translocation	Chr12	6511001	Chr5	29501728
Translocation	Chr9	10044315	Chr7	15104022	2
Translocation	Chr7	17647048	Chr6	22526222
Translocation	Chr6	23210963	Chr5	15012878	LOC_Os06g39090
Translocation	Chr11	23833208	Chr4	13589819
Translocation	Chr11	27858611	Chr1	3226205	2
Translocation	Chr2	31842318	Chr1	2441224

Main menu