Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14006426	A-T	HET
SBS	Chr1	17753847	A-G	HET
SBS	Chr1	28052213	T-A	HET
SBS	Chr1	35757040	C-T	Homo
SBS	Chr10	13479418	C-G	HET
SBS	Chr10	18182890	G-A	HET
SBS	Chr10	20692172	G-T	HET
SBS	Chr10	20692173	A-T	HET
SBS	Chr11	16635584	G-A	HET
SBS	Chr11	19157822	G-A	Homo
SBS	Chr12	14470891	C-A	HET
SBS	Chr12	15180231	G-T	HET
SBS	Chr12	16280475	G-T	HET
SBS	Chr12	24961824	G-A	HET
SBS	Chr12	8212333	A-T	HET
SBS	Chr12	9043541	C-A	HET
SBS	Chr2	12436788	C-T	HET
SBS	Chr2	12750613	A-T	HET
SBS	Chr2	12985286	A-T	HET
SBS	Chr2	22161025	A-T	Homo
SBS	Chr2	8641309	A-T	HET
SBS	Chr3	27342813	G-A	HET
SBS	Chr3	30000819	C-T	Homo
SBS	Chr4	6148617	C-T	Homo
SBS	Chr5	4158754	T-C	HET
SBS	Chr5	9204089	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16260
SBS	Chr6	158931	C-T	Homo
SBS	Chr7	11955643	T-A	HET
SBS	Chr7	1315289	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03270
SBS	Chr7	24735539	G-A	HET
SBS	Chr7	6504253	T-C	HET
SBS	Chr7	6565499	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11860
SBS	Chr8	11147315	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g18180
SBS	Chr8	1184724	C-T	HET
SBS	Chr8	2214547	G-C	HET
SBS	Chr8	22202817	C-T	HET
SBS	Chr8	2478140	C-A	HET
SBS	Chr8	2478141	T-G	HET
SBS	Chr8	25395413	T-A	HET
SBS	Chr8	27043116	A-G	HET
SBS	Chr8	6319200	A-G	HET
SBS	Chr8	691012	T-G	HET
SBS	Chr8	7126059	C-T	HET
SBS	Chr9	3910652	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07740

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1843843	1843851	8
Deletion	Chr7	3222001	3325000	102999	19
Deletion	Chr8	5928985	5928988	3
Deletion	Chr10	10975069	10975070	1
Deletion	Chr1	17256001	17285000	28999	4
Deletion	Chr1	17913001	17945000	31999	4
Deletion	Chr5	18890979	18890980	1
Deletion	Chr2	21991001	22079000	87999	18
Deletion	Chr1	28560001	28604000	43999	12
Deletion	Chr1	34053453	34053497	44	LOC_Os01g58920
Deletion	Chr1	36846411	36846413	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	18986169	18986169	1
Insertion	Chr11	22130893	22130922	30	LOC_Os11g37480
Insertion	Chr2	26167805	26167805	1
Insertion	Chr8	11281001	11281002	2

Inversions: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	6159907	6539186	LOC_Os07g11170
Inversion	Chr7	13471949	13753424
Inversion	Chr7	13676242	13750009	LOC_Os07g24110
Inversion	Chr7	13693691	13753418
Inversion	Chr7	13693699	13750010
Inversion	Chr1	17754191	17767842
Inversion	Chr1	17767847	17948941	2
Inversion	Chr5	19263707	19934115	LOC_Os05g32890
Inversion	Chr2	21991138	22338598	LOC_Os02g36400
Inversion	Chr2	22078598	22338609	LOC_Os02g36570
Inversion	Chr2	22386272	22554228	LOC_Os02g37050
Inversion	Chr2	22386297	22554236	LOC_Os02g37050

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3218121	Chr1	23667879
Translocation	Chr11	11271362	Chr1	28560200	2
Translocation	Chr11	11272068	Chr1	28602837	LOC_Os11g19560
Translocation	Chr11	13260015	Chr4	10208136	2
Translocation	Chr5	19934116	Chr1	10830960	2

Main menu