Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15240848	T-G	HET
SBS	Chr1	16775166	T-A	HET
SBS	Chr1	16784566	G-T	HET
SBS	Chr1	18884156	G-A	HET
SBS	Chr1	39795436	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g68480
SBS	Chr1	7667579	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g13690
SBS	Chr1	7667580	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g13690
SBS	Chr10	16644349	T-G	Homo
SBS	Chr10	8077406	T-C	Homo
SBS	Chr11	11177450	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g19430
SBS	Chr11	22660063	C-A	HET
SBS	Chr11	3818115	C-T	HET
SBS	Chr12	14506387	G-A	Homo
SBS	Chr12	15276256	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26204
SBS	Chr12	19487238	T-G	HET
SBS	Chr2	10654336	C-A	HET
SBS	Chr2	13525987	T-A	Homo
SBS	Chr2	20199717	G-T	HET
SBS	Chr2	20210163	G-A	HET
SBS	Chr2	21697690	C-A	HET
SBS	Chr3	15872957	G-A	Homo
SBS	Chr3	26270654	C-T	HET
SBS	Chr4	30325446	G-A	Homo
SBS	Chr4	7542953	C-T	Homo
SBS	Chr6	1280477	A-C	HET
SBS	Chr6	14125336	G-T	Homo
SBS	Chr6	19382350	G-T	HET
SBS	Chr7	10108562	T-C	HET
SBS	Chr7	10498272	T-C	HET
SBS	Chr7	10498273	A-C	HET
SBS	Chr7	22678148	G-A	HET
SBS	Chr7	29128182	G-C	HET
SBS	Chr7	9987364	C-T	HET
SBS	Chr8	12237068	C-T	HET
SBS	Chr9	1417811	C-T	HET
SBS	Chr9	14652366	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g24600
SBS	Chr9	1739035	A-C	Homo

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr12	4233833	4233835	2
Deletion	Chr9	5821094	5821099	5
Deletion	Chr9	6817105	6817117	12
Deletion	Chr5	8653862	8653864	2
Deletion	Chr4	11429396	11429397	1
Deletion	Chr10	15116876	15116883	7
Deletion	Chr11	20913259	20913261	2
Deletion	Chr5	21567440	21567447	7
Deletion	Chr8	26979635	26979644	9

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	11844458	11844458	1
Insertion	Chr4	13544345	13544345	1
Insertion	Chr4	15002505	15002505	1
Insertion	Chr4	18043642	18043642	1

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	999134	1081236	LOC_Os05g02770
Inversion	Chr5	999147	1081881	LOC_Os05g02770
Inversion	Chr9	6569444	6684037	LOC_Os09g11750
Inversion	Chr3	11066845	11068738
Inversion	Chr3	11066859	11068743
Inversion	Chr4	20195871	20254379	2
Inversion	Chr4	20195874	20254390	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	4935345	Chr2	23342793	2
Translocation	Chr9	6572453	Chr6	27220475	2
Translocation	Chr10	6591848	Chr9	8289511
Translocation	Chr9	6836643	Chr6	9616344	LOC_Os09g12100

Main menu