Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10512815	C-G	HET
SBS	Chr1	13381726	T-A	HET
SBS	Chr1	14139978	A-G	HET
SBS	Chr1	16449865	T-C	HET
SBS	Chr1	16449868	T-A	HET
SBS	Chr10	11477374	A-C	HET
SBS	Chr10	328757	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01510
SBS	Chr10	6490296	G-A	HET
SBS	Chr10	9839590	T-A	HET
SBS	Chr11	16683443	G-T	HET
SBS	Chr11	16683445	G-T	HET
SBS	Chr11	23560286	A-G	HET
SBS	Chr11	25672474	T-C	HET
SBS	Chr11	28654585	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g47447
SBS	Chr11	711268	C-T	HET
SBS	Chr12	13258698	C-T	HET
SBS	Chr12	13864111	G-C	HET
SBS	Chr12	13917214	T-G	HET
SBS	Chr12	16499311	C-T	HET
SBS	Chr12	26690034	G-C	HET
SBS	Chr12	81955	C-A	HET
SBS	Chr2	11354687	A-G	HET
SBS	Chr2	16372863	G-A	HET
SBS	Chr2	2784251	A-C	HET
SBS	Chr2	35121093	T-G	HET
SBS	Chr3	2205622	C-A	HET
SBS	Chr3	9018538	C-A	HET
SBS	Chr4	15036898	C-T	HET
SBS	Chr4	20358341	C-A	HET
SBS	Chr4	24290931	C-A	HET
SBS	Chr4	33347525	C-G	HET
SBS	Chr5	29172277	T-C	HET
SBS	Chr5	7904206	T-C	HET
SBS	Chr5	8621754	C-T	HET
SBS	Chr6	10986750	A-G	Homo
SBS	Chr6	16255759	A-T	HET
SBS	Chr6	20230138	A-T	HET
SBS	Chr6	3011059	C-T	HET
SBS	Chr7	6769230	G-A	HET
SBS	Chr8	17233393	G-T	HET
SBS	Chr8	17815382	A-C	HET
SBS	Chr8	22775138	C-T	HET
SBS	Chr9	10841686	A-G	HET
SBS	Chr9	13809891	A-T	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	871001	933000	61999	8
Deletion	Chr3	995001	1066000	70999	9
Deletion	Chr1	1872608	1872846	238
Deletion	Chr10	9998142	9998143	1
Deletion	Chr9	12344305	12344307	2
Deletion	Chr5	12554001	12584000	29999	2
Deletion	Chr6	13695001	13727000	31999	5
Deletion	Chr10	13988950	13988952	2
Deletion	Chr2	14732001	14802000	69999	11
Deletion	Chr2	14811001	14836000	24999	LOC_Os02g25410
Deletion	Chr6	15125593	15125600	7	LOC_Os06g25880
Deletion	Chr7	27303001	27383000	79999	16
Deletion	Chr1	35924801	35924802	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	8684439	8684439	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	10420075	10477682
Inversion	Chr6	10458743	10477623
Inversion	Chr7	27075040	27241728	2
Inversion	Chr7	27075049	27388279	LOC_Os07g45400

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	982974	Chr2	22064524
Translocation	Chr12	12089872	Chr6	27125497
Translocation	Chr12	12090172	Chr6	27125497
Translocation	Chr7	23547527	Chr6	26628441
Translocation	Chr6	23861030	Chr1	35819588	2
Translocation	Chr6	23861764	Chr1	35819581	2

Main menu