Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13656779	G-T	HET
SBS	Chr1	13800947	C-T	HET
SBS	Chr1	14790091	A-G	HET
SBS	Chr1	19469007	C-A	HET
SBS	Chr1	32238577	C-T	HET
SBS	Chr1	39630568	A-T	HET
SBS	Chr1	4668371	G-A	Homo
SBS	Chr10	14902920	C-T	HET
SBS	Chr10	17109214	A-G	HET
SBS	Chr10	19211324	A-G	HET
SBS	Chr10	2130609	T-A	Homo
SBS	Chr10	2130611	A-T	Homo
SBS	Chr10	2130612	C-T	Homo
SBS	Chr11	10245248	G-A	HET
SBS	Chr2	22839322	C-T	HET
SBS	Chr2	6579983	C-T	Homo
SBS	Chr3	16148401	G-A	Homo
SBS	Chr3	17323244	C-A	HET
SBS	Chr3	17748961	T-A	HET
SBS	Chr3	31473741	G-A	Homo
SBS	Chr4	11153939	G-A	HET
SBS	Chr4	11153940	C-A	HET
SBS	Chr4	14892865	T-G	HET
SBS	Chr4	21628924	G-A	HET
SBS	Chr4	4662023	A-G	HET
SBS	Chr5	10692890	C-G	HET
SBS	Chr5	11919072	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20330
SBS	Chr5	12820122	T-G	HET
SBS	Chr5	21058196	C-T	HET
SBS	Chr5	22319261	C-T	HET
SBS	Chr5	26439991	G-A	HET
SBS	Chr5	26605964	A-G	HET
SBS	Chr5	5709228	C-T	Homo
SBS	Chr6	13869928	C-G	Homo
SBS	Chr6	24441923	T-A	Homo
SBS	Chr7	18107581	A-G	Homo
SBS	Chr7	1980547	A-G	HET
SBS	Chr7	22224324	G-T	HET
SBS	Chr7	3800755	T-G	Homo
SBS	Chr8	12146523	T-A	HET
SBS	Chr8	17899960	A-T	HET
SBS	Chr8	22802315	C-A	Homo
SBS	Chr9	10406252	C-T	Homo
SBS	Chr9	20154208	C-A	Homo
SBS	Chr9	2043475	C-T	Homo
SBS	Chr9	22321046	G-A	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2821675	2821680	5	LOC_Os04g05570
Deletion	Chr2	4301887	4301891	4
Deletion	Chr5	6841487	6841490	3
Deletion	Chr9	8034144	8034156	12
Deletion	Chr6	8085193	8085208	15
Deletion	Chr9	10403188	10403191	3
Deletion	Chr10	10769485	10769491	6
Deletion	Chr6	29635167	29635170	3

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	12760317	12760318	2
Insertion	Chr5	14553842	14553844	3
Insertion	Chr5	24882841	24882865	25
Insertion	Chr7	1308316	1308324	9
Insertion	Chr7	24530941	24530941	1
Insertion	Chr8	11049434	11049434	1
Insertion	Chr9	13453559	13453562	4
Insertion	Chr9	331362	331367	6

No Inversion

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	3120137	Chr1	23590110
Translocation	Chr9	8069375	Chr8	7623998
Translocation	Chr9	8069597	Chr1	15426270
Translocation	Chr11	11603411	Chr4	8817956
Translocation	Chr12	18527477	Chr11	14827070	2
Translocation	Chr11	18961445	Chr1	39985693	2
Translocation	Chr11	18961770	Chr1	39985694	2
Translocation	Chr11	19217189	Chr7	25249514	LOC_Os11g32560

Main menu