Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12693421	G-A	HET
SBS	Chr1	18263342	T-A	HET
SBS	Chr1	20510468	T-A	HET
SBS	Chr1	21434586	A-G	HET
SBS	Chr1	2248648	T-C	HET
SBS	Chr1	27711114	C-T	Homo
SBS	Chr1	37140262	G-A	HET
SBS	Chr1	6865103	G-A	HET
SBS	Chr10	23100089	G-A	HET
SBS	Chr10	2484291	G-A	Homo
SBS	Chr11	13031883	A-C	HET
SBS	Chr11	15494552	G-A	HET
SBS	Chr11	15494553	T-A	HET
SBS	Chr11	16644120	G-T	HET
SBS	Chr11	21717696	A-T	HET
SBS	Chr11	2680485	T-A	HET
SBS	Chr12	10980154	C-T	HET
SBS	Chr12	13410332	G-C	HET
SBS	Chr12	16909518	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28590
SBS	Chr12	23978414	T-C	HET
SBS	Chr12	24984703	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40350
SBS	Chr12	2639277	A-C	HET
SBS	Chr2	2185883	G-A	HET
SBS	Chr2	35137403	G-A	HET
SBS	Chr2	35141013	G-T	HET
SBS	Chr3	1161476	C-T	HET
SBS	Chr3	21260426	C-T	HET
SBS	Chr3	2982815	T-C	HET
SBS	Chr3	31582080	C-T	HET
SBS	Chr4	12561182	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22180
SBS	Chr4	13188442	C-A	HET
SBS	Chr4	13188443	T-A	HET
SBS	Chr4	13266929	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23250
SBS	Chr4	22251145	G-A	HET
SBS	Chr4	3384925	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06390
SBS	Chr5	21813244	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37280
SBS	Chr5	2262967	C-A	Homo
SBS	Chr5	4664870	G-C	HET
SBS	Chr6	11554860	C-T	HET
SBS	Chr6	12251124	G-A	HET
SBS	Chr6	26818053	T-A	HET
SBS	Chr6	3734305	C-T	HET
SBS	Chr6	8358187	A-T	HET
SBS	Chr7	13507882	G-A	HET
SBS	Chr7	21138823	C-A	HET
SBS	Chr7	6951679	A-T	HET
SBS	Chr8	12049868	C-T	HET
SBS	Chr8	1639126	G-T	HET
SBS	Chr8	18725648	A-T	HET
SBS	Chr8	1956372	G-A	HET
SBS	Chr8	21255507	T-G	HET
SBS	Chr8	23757792	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g37500
SBS	Chr8	3977511	T-C	HET
SBS	Chr9	16039480	C-A	HET
SBS	Chr9	21201415	G-A	HET
SBS	Chr9	375587	C-A	HET

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	6399115	6399116	1	LOC_Os03g12200
Deletion	Chr12	11487340	11487341	1	LOC_Os12g19720
Deletion	Chr2	21596902	21596912	10
Deletion	Chr10	22493405	22493406	1
Deletion	Chr10	23029945	23029948	3

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	1476412	1476413	2
Insertion	Chr5	4740328	4740357	30	LOC_Os05g08660

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	33253574	33858517

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	10914692	Chr5	8834671
Translocation	Chr8	12316674	Chr1	9100397	2
Translocation	Chr8	15934975	Chr7	6243005
Translocation	Chr10	16394933	Chr4	27332032
Translocation	Chr12	27530417	Chr8	7729489
Translocation	Chr11	28718626	Chr8	25742856	2

Main menu