Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21862497	C-T	HET
SBS	Chr1	24981622	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43610
SBS	Chr1	42875654	A-T	Homo
SBS	Chr1	4805904	G-A	HET
SBS	Chr1	9161576	C-T	HET
SBS	Chr10	17672876	G-A	HET
SBS	Chr10	19299072	A-G	HET
SBS	Chr11	10780106	A-T	HET
SBS	Chr11	10854993	A-G	HET
SBS	Chr11	11948488	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20610
SBS	Chr11	3418843	T-C	HET
SBS	Chr12	11698176	T-C	HET
SBS	Chr12	19376587	G-A	HET
SBS	Chr2	14383103	G-A	HET
SBS	Chr2	21726743	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g36100
SBS	Chr2	22100347	G-C	HET
SBS	Chr2	22486373	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g37210
SBS	Chr2	8107762	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14700
SBS	Chr3	20167538	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g36370
SBS	Chr4	16461982	C-T	HET
SBS	Chr4	17024796	C-T	HET
SBS	Chr4	19898211	A-T	HET
SBS	Chr4	32558053	G-A	HET
SBS	Chr4	6192781	A-C	Homo
SBS	Chr5	20290038	T-C	HET
SBS	Chr5	7943183	G-T	HET
SBS	Chr5	7943184	G-T	HET
SBS	Chr6	6833709	T-G	Homo
SBS	Chr7	11092788	T-G	HET
SBS	Chr7	8904713	C-T	HET
SBS	Chr8	17554967	G-C	Homo
SBS	Chr8	3412061	G-A	HET
SBS	Chr9	20417049	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g35530
SBS	Chr9	3392711	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07000

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	4387470	4387474	4
Deletion	Chr3	5595653	5595678	25	LOC_Os03g10890
Deletion	Chr4	9373769	9373784	15
Deletion	Chr4	9764385	9764387	2
Deletion	Chr4	13457626	13457636	10	LOC_Os04g23530
Deletion	Chr7	14103238	14103240	2
Deletion	Chr7	14386130	14386132	2
Deletion	Chr8	14448011	14448015	4
Deletion	Chr4	14645001	14663000	17999	LOC_Os04g25330
Deletion	Chr4	16679001	16703000	23999	4
Deletion	Chr12	19474264	19474265	1
Deletion	Chr3	24150297	24150307	10
Deletion	Chr12	24331808	24331928	120
Deletion	Chr1	24677069	24677075	6
Deletion	Chr4	25195905	25195917	12	LOC_Os04g42600
Deletion	Chr2	29690621	29690624	3

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	27366270	27366271	2
Insertion	Chr2	31208635	31208636	2
Insertion	Chr3	9215202	9215208	7
Insertion	Chr6	27094509	27094510	2
Insertion	Chr7	17190543	17190545	3
Insertion	Chr7	18659150	18659152	3	LOC_Os07g31470
Insertion	Chr7	2044279	2044280	2

No Inversion

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	25992797	Chr6	9594726

Main menu