Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13228897	G-A	HET
SBS	Chr1	23765272	C-T	HET
SBS	Chr1	27779687	T-G	HET
SBS	Chr1	38367660	A-T	HET
SBS	Chr1	5431653	A-T	HET
SBS	Chr10	6395583	G-A	HET
SBS	Chr11	1644067	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g04060
SBS	Chr11	18164370	G-A	HET
SBS	Chr11	20324063	A-T	HET
SBS	Chr11	2126627	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g04960
SBS	Chr11	778173	C-T	HET
SBS	Chr11	9735965	G-A	HET
SBS	Chr12	20691487	C-T	HET
SBS	Chr2	12414409	T-C	HET
SBS	Chr2	21721624	A-C	HET
SBS	Chr2	33104378	A-T	HET
SBS	Chr2	6424292	T-C	HET
SBS	Chr2	6614874	C-T	HET
SBS	Chr3	11365767	A-G	HET
SBS	Chr3	12193656	G-A	HET
SBS	Chr3	18794581	G-A	Homo
SBS	Chr3	34153647	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g60050
SBS	Chr3	35589667	C-A	HET
SBS	Chr4	11354395	G-T	HET
SBS	Chr4	3269700	G-C	HET
SBS	Chr4	9638072	G-A	HET
SBS	Chr5	11873285	A-G	HET
SBS	Chr5	26088344	C-T	HET
SBS	Chr5	7555568	T-C	Homo
SBS	Chr6	13267041	C-A	HET
SBS	Chr6	3987701	G-A	HET
SBS	Chr7	16167087	G-A	Homo
SBS	Chr7	5530132	T-C	HET
SBS	Chr7	7637842	G-T	HET
SBS	Chr8	16833842	G-A	HET
SBS	Chr8	21380454	A-C	HET
SBS	Chr8	25380563	C-A	HET
SBS	Chr8	2903816	C-T	HET
SBS	Chr9	22309705	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g38834

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1511059	1511065	6
Deletion	Chr4	3929642	3929672	30
Deletion	Chr7	15031470	15031472	2
Deletion	Chr11	17788001	17926000	137999	16
Deletion	Chr11	17930001	17986000	55999	10
Deletion	Chr11	17989001	18167000	177999	25
Deletion	Chr7	24930686	24930687	1
Deletion	Chr2	28384425	28384446	21
Deletion	Chr3	33062250	33062263	13	LOC_Os03g58070

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	27975174	27975174	1
Insertion	Chr12	15707385	15707385	1
Insertion	Chr12	17188832	17188832	1
Insertion	Chr2	32483158	32483158	1
Insertion	Chr5	29163155	29163156	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	11146369	11356099	LOC_Os04g19990
Inversion	Chr4	11146376	11356108	LOC_Os04g19990
Inversion	Chr2	29129335	29190547	2
Inversion	Chr2	29129360	29190550	2

Translocations: 16

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2694518	Chr6	22683226
Translocation	Chr8	6751269	Chr2	610967	2
Translocation	Chr8	7487639	Chr2	32536383	2
Translocation	Chr11	12942259	Chr4	779239	2
Translocation	Chr9	13077399	Chr1	3091380	2
Translocation	Chr9	13377111	Chr1	15921904	LOC_Os09g22090
Translocation	Chr11	18163993	Chr8	4442062	2
Translocation	Chr11	20512011	Chr2	32513896	2
Translocation	Chr11	20512684	Chr8	7487628
Translocation	Chr11	21580983	Chr9	8955209
Translocation	Chr11	24566534	Chr10	2436173	LOC_Os11g41034
Translocation	Chr11	26252057	Chr7	13389361	2
Translocation	Chr12	27167560	Chr6	16774717	2
Translocation	Chr11	27797915	Chr5	23589801	2
Translocation	Chr11	28430651	Chr8	2834652	2
Translocation	Chr4	29934424	Chr3	21827776	2

Main menu