Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 30

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	31565046	C-T	HET
SBS	Chr1	36601723	T-A	HET
SBS	Chr1	38494555	C-T	HET
SBS	Chr1	4789387	G-A	Homo
SBS	Chr10	1460100	G-A	HET
SBS	Chr10	15850750	A-G	HET
SBS	Chr11	14365036	T-G	HET
SBS	Chr11	17263177	C-A	HET
SBS	Chr11	8384767	A-G	HET
SBS	Chr12	10555486	T-A	HET
SBS	Chr12	22233313	T-C	HET
SBS	Chr12	24736456	A-G	Homo
SBS	Chr2	14066139	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g24250
SBS	Chr2	19618883	A-G	Homo
SBS	Chr2	25998351	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g43150
SBS	Chr2	30575573	G-A	HET
SBS	Chr3	14758331	C-T	HET
SBS	Chr3	26316262	G-A	HET
SBS	Chr3	26625223	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g47070
SBS	Chr5	19030586	C-T	HET
SBS	Chr5	19239047	G-A	HET
SBS	Chr5	25097864	C-T	Homo
SBS	Chr6	25778143	G-A	Homo
SBS	Chr6	29801763	A-G	Homo
SBS	Chr7	8222825	C-T	HET
SBS	Chr8	12148055	C-T	Homo
SBS	Chr8	17615453	G-A	HET
SBS	Chr8	22902542	G-A	HET
SBS	Chr8	24303934	T-C	HET
SBS	Chr8	8187538	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	461059	461061	2
Deletion	Chr4	6479972	6479983	11
Deletion	Chr7	7492773	7492796	23
Deletion	Chr11	11802034	11802037	3
Deletion	Chr2	14750239	14750241	2
Deletion	Chr11	15225249	15225250	1
Deletion	Chr7	16191001	16449000	257999	41
Deletion	Chr12	18731660	18731666	6
Deletion	Chr1	23401506	23401507	1
Deletion	Chr12	24736854	24736866	12
Deletion	Chr1	25156209	25156212	3
Deletion	Chr3	29175934	29175935	1
Deletion	Chr3	34106001	34138000	31999	9

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	26329162	26329162	1
Insertion	Chr6	28763937	28763939	3	LOC_Os06g47510

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	24261279	24263645
Inversion	Chr3	24261288	24263649

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2239005	Chr1	2819544
Translocation	Chr9	13454063	Chr3	25402470	2
Translocation	Chr11	26666512	Chr6	10857849

Main menu