Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12096594	T-G	HET
SBS	Chr1	2317446	G-A	HET
SBS	Chr1	36390855	G-A	HET
SBS	Chr1	37162012	T-C	HET
SBS	Chr1	39287328	T-C	HET
SBS	Chr12	10966499	T-G	HET
SBS	Chr12	12067448	G-A	Homo
SBS	Chr12	6817908	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g12380
SBS	Chr12	9228245	G-A	HET
SBS	Chr2	13590283	G-T	HET
SBS	Chr2	14314503	A-C	HET
SBS	Chr2	2158745	C-T	HET
SBS	Chr3	18176235	G-A	HET
SBS	Chr3	19071257	A-T	HET
SBS	Chr3	33127137	C-A	HET
SBS	Chr3	4599458	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g08880
SBS	Chr3	4599459	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g08880
SBS	Chr4	12687985	C-G	HET
SBS	Chr4	24300450	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g40930
SBS	Chr4	27790568	G-A	HET
SBS	Chr5	17245896	T-A	HET
SBS	Chr5	25066106	G-A	HET
SBS	Chr5	25785560	A-C	HET
SBS	Chr5	6519464	T-A	HET
SBS	Chr6	12318935	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21330
SBS	Chr6	25314809	G-A	HET
SBS	Chr6	3266452	A-T	HET
SBS	Chr7	17055282	G-A	Homo
SBS	Chr7	18984209	A-T	Homo
SBS	Chr8	18298714	C-T	Homo
SBS	Chr8	20842862	T-A	Homo
SBS	Chr8	4041164	C-T	HET
SBS	Chr8	5440550	C-A	Homo
SBS	Chr9	15442597	G-A	Homo
SBS	Chr9	3228338	T-A	HET
SBS	Chr9	5146504	A-G	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	3037042	3037043	1
Deletion	Chr8	5304516	5304519	3
Deletion	Chr4	9653113	9653114	1
Deletion	Chr1	12981165	12981176	11	LOC_Os01g23070
Deletion	Chr1	14370601	14370604	3
Deletion	Chr5	14717956	14717963	7
Deletion	Chr1	16782225	16782273	48
Deletion	Chr4	17306708	17306726	18	LOC_Os04g29190
Deletion	Chr2	20188524	20188543	19
Deletion	Chr8	20824673	20824684	11
Deletion	Chr6	22691981	22692017	36
Deletion	Chr6	23101963	23101965	2
Deletion	Chr3	25742443	25742444	1
Deletion	Chr5	29421915	29421916	1	LOC_Os05g51290
Deletion	Chr1	38875578	38875580	2

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	914449	914449	1
Insertion	Chr10	16099590	16099605	16
Insertion	Chr11	14925446	14925446	1
Insertion	Chr2	7458562	7458566	5
Insertion	Chr6	10672860	10672860	1
Insertion	Chr8	6937929	6937929	1
Insertion	Chr9	12178351	12178352	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	4012918	4404301	2
Inversion	Chr6	4012934	4404317	2
Inversion	Chr5	4949448	5685179	2
Inversion	Chr5	4949470	5139711	LOC_Os05g08950
Inversion	Chr5	5134528	5212044	2

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	2499158	Chr8	19698850

Main menu