Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2351 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2351 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	391489	C-A	HET
SBS	Chr2	4406314	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g08290
SBS	Chr2	8303639	C-T	HET
SBS	Chr2	9034602	A-T	HET
SBS	Chr2	21442391	C-G	HET
SBS	Chr2	22498209	A-T	HET
SBS	Chr2	35410419	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57810
SBS	Chr2	35410420	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57810
SBS	Chr3	4084513	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g07990
SBS	Chr3	6669619	G-A	HET
SBS	Chr3	13861882	C-T	Homo
SBS	Chr3	19055283	A-T	Homo
SBS	Chr3	21286116	C-T	Homo
SBS	Chr3	28198603	T-A	HET
SBS	Chr3	29420722	C-T	HET
SBS	Chr3	30569155	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g53280
SBS	Chr3	30569156	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g53280
SBS	Chr3	33525237	C-T	Homo
SBS	Chr4	2225762	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g04640
SBS	Chr4	2545510	C-T	HET
SBS	Chr4	2629129	C-T	HET
SBS	Chr4	12507098	G-C	HET
SBS	Chr4	19087197	T-C	HET
SBS	Chr4	30162639	T-C	HET
SBS	Chr4	33636399	C-T	HET
SBS	Chr5	9677599	C-T	HET
SBS	Chr5	13022963	G-A	Homo
SBS	Chr5	19289245	T-C	HET
SBS	Chr6	9161513	G-A	HET
SBS	Chr6	14189243	G-T	HET
SBS	Chr6	15642248	A-G	HET
SBS	Chr6	22279547	A-G	HET
SBS	Chr6	27254828	G-T	Homo
SBS	Chr6	29532248	T-C	Homo
SBS	Chr7	7254892	C-T	Homo
SBS	Chr7	7254893	C-T	Homo
SBS	Chr7	21514011	A-G	HET
SBS	Chr7	27070117	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45400
SBS	Chr8	11847644	A-C	Homo
SBS	Chr8	13548733	A-T	HET
SBS	Chr8	21832252	A-T	HET
SBS	Chr9	3280232	G-A	HET
SBS	Chr9	3280233	A-T	HET
SBS	Chr9	13910363	A-T	HET
SBS	Chr9	16743244	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27550
SBS	Chr10	17681829	C-T	HET
SBS	Chr10	20285609	C-T	HET
SBS	Chr11	4577170	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g08610
SBS	Chr11	15873790	C-G	HET
SBS	Chr12	3091064	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g06440
SBS	Chr12	4360018	G-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1416121	1416123	2
Deletion	Chr2	5836817	5836818	1	LOC_Os02g10990
Deletion	Chr2	6304459	6304462	3	LOC_Os02g12120
Deletion	Chr7	6821706	6821719	13
Deletion	Chr6	14070001	14152000	81999	11
Deletion	Chr6	14965001	15136000	170999	32
Deletion	Chr8	17868834	17868836	2
Deletion	Chr3	26967159	26967161	2
Deletion	Chr1	40107058	40107060	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	11754901	11754902	2
Insertion	Chr6	13196245	13196246	2
Insertion	Chr10	13742558	13742559	2
Insertion	Chr1	19823630	19823655	26
Insertion	Chr2	16230649	16230649	1
Insertion	Chr3	184498	184501	4
Insertion	Chr11	20878309	20878330	22
Insertion	Chr12	21777752	21777752	1	LOC_Os12g35760

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	13803420	13824965
Inversion	Chr6	23764634	23771193
Inversion	Chr6	23769983	23771200
Inversion	Chr6	28985009	29386397	2
Inversion	Chr6	28985022	29401407	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	5537667	Chr4	8208123
Translocation	Chr11	11831706	Chr7	14037452	2
Translocation	Chr6	13824971	Chr2	6028732
Translocation	Chr6	13825204	Chr2	6028721

Main menu

You are here

Search Results