Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 29

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12122413	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g21630
SBS	Chr1	32606069	G-A	HET
SBS	Chr1	34380433	T-C	HET
SBS	Chr1	40766800	G-T	HET
SBS	Chr1	9617247	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g16850
SBS	Chr10	13969941	C-T	HET
SBS	Chr10	13969950	T-G	HET
SBS	Chr10	21678536	C-T	Homo
SBS	Chr11	20580339	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35100
SBS	Chr11	3396124	G-A	HET
SBS	Chr12	14728834	G-A	Homo
SBS	Chr2	11661658	A-T	HET
SBS	Chr2	25000221	A-T	Homo
SBS	Chr2	8351902	A-T	HET
SBS	Chr2	8552028	T-C	HET
SBS	Chr2	8591732	C-T	HET
SBS	Chr3	22008717	A-C	HET
SBS	Chr3	30585934	A-C	Homo
SBS	Chr3	31119739	G-A	Homo
SBS	Chr3	31119740	G-T	Homo
SBS	Chr5	21006566	G-A	HET
SBS	Chr5	23122280	C-T	HET
SBS	Chr7	28281095	A-C	HET
SBS	Chr7	3954807	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g07880
SBS	Chr8	22451761	A-T	HET
SBS	Chr8	26061706	G-A	Homo
SBS	Chr9	12534356	A-T	HET
SBS	Chr9	6742278	C-G	HET
SBS	Chr9	986877	T-C	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	513630	513632	2
Deletion	Chr4	978388	978396	8	LOC_Os04g02600
Deletion	Chr10	2667287	2667289	2	LOC_Os10g05410
Deletion	Chr12	5633839	5633865	26
Deletion	Chr4	12961341	12961347	6
Deletion	Chr12	14730090	14730097	7
Deletion	Chr5	15897001	15909000	11999	LOC_Os05g27360
Deletion	Chr5	15912001	15925000	12999	4
Deletion	Chr2	23340124	23340125	1
Deletion	Chr4	24330237	24330244	7

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	24494528	24494528	1	LOC_Os01g43010
Insertion	Chr12	4105866	4105867	2
Insertion	Chr6	25817901	25817901	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	15786506	15897409
Inversion	Chr5	15925308	16105698	LOC_Os05g27400

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	14982825	Chr3	18988986	2

Main menu