Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10520522	C-T	HET
SBS	Chr1	10520523	C-T	HET
SBS	Chr1	19359100	G-A	Homo
SBS	Chr1	32718221	C-T	Homo
SBS	Chr1	34784564	C-A	HET
SBS	Chr1	42639090	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g73604
SBS	Chr10	11509126	C-T	HET
SBS	Chr10	4896881	G-A	HET
SBS	Chr11	19309368	G-A	HET
SBS	Chr12	197359	A-G	Homo
SBS	Chr12	8171949	A-G	Homo
SBS	Chr2	11119345	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g19040
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET
SBS	Chr2	30891321	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g50580
SBS	Chr2	33893425	A-T	Homo	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os02g55340
SBS	Chr3	14465505	G-A	HET
SBS	Chr3	23731305	T-A	Homo
SBS	Chr4	18908713	G-T	HET
SBS	Chr4	2364352	G-T	HET
SBS	Chr4	25214672	C-A	HET
SBS	Chr4	25214673	C-A	HET
SBS	Chr4	35495575	G-A	HET
SBS	Chr4	5402879	G-A	HET
SBS	Chr5	20977566	T-C	HET
SBS	Chr5	3308318	T-C	HET
SBS	Chr5	6897718	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g12060
SBS	Chr5	8059539	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14330
SBS	Chr6	27631474	A-C	Homo
SBS	Chr6	27730769	T-A	Homo
SBS	Chr6	3028477	C-A	HET
SBS	Chr7	11489776	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19420
SBS	Chr7	2458484	T-G	Homo
SBS	Chr7	8569402	T-A	HET
SBS	Chr8	10865340	C-A	HET
SBS	Chr8	15592727	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g25624
SBS	Chr8	16646364	G-A	HET
SBS	Chr8	16646365	A-G	HET
SBS	Chr8	19419834	G-A	HET
SBS	Chr8	22545448	A-G	HET
SBS	Chr8	22701182	G-A	HET
SBS	Chr9	10227219	A-G	HET
SBS	Chr9	13827511	T-C	HET
SBS	Chr9	17220086	C-T	HET
SBS	Chr9	21761719	T-C	HET
SBS	Chr9	6174853	C-T	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	666147	666177	30
Deletion	Chr5	1441119	1441123	4
Deletion	Chr1	4634785	4634790	5
Deletion	Chr1	5451380	5451381	1
Deletion	Chr8	5840197	5840199	2
Deletion	Chr11	7636587	7636602	15
Deletion	Chr1	7815419	7815420	1
Deletion	Chr3	13028563	13028566	3
Deletion	Chr5	15065861	15065872	11	LOC_Os05g25890
Deletion	Chr3	15124001	15237000	112999	18
Deletion	Chr3	15259001	15312000	52999	9
Deletion	Chr8	16624001	16643000	18999	2
Deletion	Chr7	16726031	16726032	1
Deletion	Chr12	17292404	17292406	2	LOC_Os12g29200
Deletion	Chr10	18248111	18248118	7
Deletion	Chr10	18616806	18616807	1	LOC_Os10g34884
Deletion	Chr2	20310935	20310936	1
Deletion	Chr5	20778935	20778936	1
Deletion	Chr5	23287550	23287554	4
Deletion	Chr4	24124537	24124539	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	20536395	20536396	2
Insertion	Chr12	17639261	17639262	2
Insertion	Chr9	13061771	13061772	2

No Inversion

No Translocation

Main menu