Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2375 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2375 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 71

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19297821	T-A	HET
SBS	Chr1	20292348	G-A	Homo
SBS	Chr1	21693562	A-G	HET
SBS	Chr1	25329488	C-T	HET
SBS	Chr1	39119014	C-T	HET
SBS	Chr1	5617289	G-A	HET
SBS	Chr1	7385533	A-T	HET
SBS	Chr1	8004635	G-T	HET
SBS	Chr10	14637295	G-A	HET
SBS	Chr10	14870280	A-G	HET
SBS	Chr10	5033727	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g09310
SBS	Chr10	5373334	C-A	HET
SBS	Chr10	6757055	G-A	HET
SBS	Chr11	14322805	T-G	HET
SBS	Chr11	17169858	C-T	HET
SBS	Chr11	17805739	G-A	HET
SBS	Chr11	27032444	G-A	HET
SBS	Chr11	5400145	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g10060
SBS	Chr11	8493949	C-T	HET
SBS	Chr12	13166211	T-C	HET
SBS	Chr12	16915260	A-T	HET
SBS	Chr12	18832244	G-C	Homo
SBS	Chr12	22483344	G-T	HET
SBS	Chr12	2553250	A-C	HET
SBS	Chr12	3110983	A-G	Homo
SBS	Chr12	4625990	C-T	Homo
SBS	Chr12	4829383	A-G	Homo
SBS	Chr12	8810383	A-G	HET
SBS	Chr2	13489378	C-T	HET
SBS	Chr2	1427106	A-T	Homo
SBS	Chr2	15533377	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26460
SBS	Chr2	22786437	T-A	HET
SBS	Chr2	25450078	T-G	HET
SBS	Chr2	3900961	C-A	Homo
SBS	Chr2	9225371	C-A	HET
SBS	Chr3	26408862	C-A	Homo
SBS	Chr3	2925793	A-T	HET
SBS	Chr3	8197390	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g15020
SBS	Chr4	10870995	G-A	Homo
SBS	Chr4	13103088	C-T	Homo
SBS	Chr4	26340895	C-T	Homo
SBS	Chr4	29016580	C-A	HET
SBS	Chr4	5524922	A-C	Homo
SBS	Chr4	6882204	T-A	HET
SBS	Chr5	15549002	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26810
SBS	Chr5	28404322	C-T	HET
SBS	Chr5	29775477	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51890
SBS	Chr5	563322	T-A	HET
SBS	Chr6	3017071	G-A	HET
SBS	Chr6	3965471	C-A	HET
SBS	Chr7	12990191	T-A	Homo
SBS	Chr7	17011206	C-T	HET
SBS	Chr7	17293365	A-C	Homo
SBS	Chr7	18008225	C-A	HET
SBS	Chr7	21276557	G-C	HET
SBS	Chr7	21357526	C-A	HET
SBS	Chr7	25739644	C-T	HET
SBS	Chr7	2588539	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g05540
SBS	Chr7	28304009	C-T	HET
SBS	Chr8	12292876	C-A	HET
SBS	Chr8	13446130	G-A	HET
SBS	Chr8	13526704	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22420
SBS	Chr8	22296900	C-T	HET
SBS	Chr8	23749580	C-G	HET
SBS	Chr8	3268059	C-A	HET
SBS	Chr9	11642360	G-A	HET
SBS	Chr9	12968514	G-A	HET
SBS	Chr9	16679211	T-A	Homo
SBS	Chr9	2472355	A-T	HET
SBS	Chr9	4122282	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g08000
SBS	Chr9	4628579	G-A	HET

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1120558	1120566	8	LOC_Os07g03000
Deletion	Chr5	3445517	3445526	9
Deletion	Chr12	5285772	5285774	2
Deletion	Chr3	7927112	7927113	1	LOC_Os03g14600
Deletion	Chr9	15754760	15754774	14
Deletion	Chr9	20899111	20899117	6	LOC_Os09g36240
Deletion	Chr2	22489134	22489135	1	LOC_Os02g37220

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	9033670	9033670	1	LOC_Os01g16050
Insertion	Chr11	10453742	10453751	10
Insertion	Chr12	18817390	18817390	1
Insertion	Chr4	5312111	5312113	3	LOC_Os04g09880
Insertion	Chr4	8423163	8423164	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	34659444	34904597
Inversion	Chr3	34659463	34904612

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	9749671	Chr4	7533789	2
Translocation	Chr8	12316473	Chr1	9101596	2
Translocation	Chr8	15027842	Chr7	11295958
Translocation	Chr9	21954634	Chr6	6426492	LOC_Os09g38104
Translocation	Chr11	22951846	Chr7	7048199	LOC_Os11g38670
Translocation	Chr11	22951848	Chr7	7040149	LOC_Os11g38670

Main menu

You are here

Search Nipponbare