Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2378 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2378 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 63

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1215433	T-G	HET
SBS	Chr1	1215482	T-C	HET
SBS	Chr1	13490788	C-T	HET
SBS	Chr1	20623911	C-A	HET
SBS	Chr10	2423889	T-A	Homo
SBS	Chr10	2423890	T-A	Homo
SBS	Chr10	246348	T-G	HET
SBS	Chr10	7692097	T-C	HET
SBS	Chr10	8913414	C-A	HET
SBS	Chr11	12293212	T-G	HET
SBS	Chr11	12931203	C-T	HET
SBS	Chr11	13270680	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g23060
SBS	Chr11	16083527	G-A	HET
SBS	Chr11	20555135	A-T	HET
SBS	Chr12	13946969	C-T	HET
SBS	Chr12	19331957	C-T	HET
SBS	Chr12	3631186	G-A	Homo
SBS	Chr12	5788286	T-A	HET
SBS	Chr12	9095080	C-T	HET
SBS	Chr12	9585570	T-C	HET
SBS	Chr2	1930294	C-T	HET
SBS	Chr2	2174147	G-T	HET
SBS	Chr2	31262796	G-T	Homo
SBS	Chr2	3959736	T-A	HET
SBS	Chr2	4648013	T-A	HET
SBS	Chr2	8103032	T-G	HET
SBS	Chr3	17176129	C-T	HET
SBS	Chr3	19718748	C-T	HET
SBS	Chr3	22713109	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g40840
SBS	Chr3	25024031	G-A	HET
SBS	Chr3	31275346	A-G	HET
SBS	Chr4	11480130	A-T	Homo
SBS	Chr4	13480539	C-A	HET
SBS	Chr4	13702502	A-T	Homo
SBS	Chr4	14258106	T-A	Homo
SBS	Chr4	23394592	A-T	HET
SBS	Chr4	24511309	C-T	HET
SBS	Chr4	31369778	C-T	HET
SBS	Chr4	33318010	A-T	HET
SBS	Chr4	3433104	G-A	HET
SBS	Chr4	9871927	C-T	HET
SBS	Chr6	21560935	A-G	HET
SBS	Chr6	25614011	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42590
SBS	Chr6	2627441	C-A	HET
SBS	Chr6	27967040	G-A	Homo
SBS	Chr6	27967041	C-A	Homo
SBS	Chr6	30435344	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g50280
SBS	Chr7	13297798	G-C	HET
SBS	Chr7	14257916	A-G	HET
SBS	Chr7	14322511	T-A	HET
SBS	Chr7	16359730	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28050
SBS	Chr7	4226226	A-G	Homo
SBS	Chr7	6228215	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11280
SBS	Chr7	7828771	C-T	HET
SBS	Chr7	8752538	G-A	HET
SBS	Chr7	9918570	G-A	HET
SBS	Chr8	23139691	C-T	HET
SBS	Chr8	4879497	A-G	HET
SBS	Chr8	526786	G-A	HET
SBS	Chr8	8158844	A-T	HET
SBS	Chr9	13224964	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g21820
SBS	Chr9	13874931	T-A	HET
SBS	Chr9	18290620	T-C	HET

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	614294	614296	2
Deletion	Chr11	4272905	4272916	11
Deletion	Chr10	7473001	7511000	37999	7
Deletion	Chr12	9538355	9538361	6
Deletion	Chr8	10774364	10774391	27
Deletion	Chr11	11232227	11232246	19
Deletion	Chr8	12100100	12100105	5
Deletion	Chr9	14045939	14045941	2
Deletion	Chr1	15862428	15862431	3
Deletion	Chr3	15927697	15927698	1
Deletion	Chr12	17845740	17845742	2
Deletion	Chr7	18560205	18560206	1
Deletion	Chr12	19255651	19255653	2
Deletion	Chr3	19376118	19376119	1
Deletion	Chr9	20788001	20960000	171999	23
Deletion	Chr9	20811351	20811357	6
Deletion	Chr4	25207241	25207242	1
Deletion	Chr11	25753946	25753949	3
Deletion	Chr12	26487372	26487374	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	5481470	5481475	6
Insertion	Chr6	27114887	27114888	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	22618786	23512746	2
Inversion	Chr4	22618791	23512751	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	7547480	Chr1	2551141	2
Translocation	Chr6	10194145	Chr2	30977614
Translocation	Chr8	11738402	Chr4	27822177	2
Translocation	Chr8	11738770	Chr4	27822180	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare