Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	23279643	G-A	HET
SBS	Chr1	24349834	C-T	HET
SBS	Chr10	19501493	T-A	HET
SBS	Chr10	20288839	G-A	HET
SBS	Chr10	8900672	C-T	HET
SBS	Chr11	1494213	C-A	HET
SBS	Chr11	17841190	G-A	HET
SBS	Chr11	9000237	A-T	Homo
SBS	Chr12	11146856	C-T	HET
SBS	Chr12	13139910	G-A	HET
SBS	Chr12	15691744	C-G	HET
SBS	Chr12	24963518	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40310
SBS	Chr2	11135568	A-T	HET
SBS	Chr2	14513115	G-A	HET
SBS	Chr2	28718808	G-T	HET
SBS	Chr2	30261654	T-C	HET
SBS	Chr3	16001279	T-A	Homo
SBS	Chr3	899736	G-A	HET
SBS	Chr4	12375177	A-C	Homo
SBS	Chr4	20130884	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g33280
SBS	Chr4	23417543	A-G	HET
SBS	Chr4	27148941	G-T	HET
SBS	Chr4	34231603	T-C	HET
SBS	Chr4	34814691	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g58555
SBS	Chr4	6230557	G-T	HET
SBS	Chr4	6362296	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g11620
SBS	Chr4	8191727	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14600
SBS	Chr5	10975079	A-T	HET
SBS	Chr5	15585340	G-A	HET
SBS	Chr5	6173011	C-T	HET
SBS	Chr6	13854869	C-A	Homo
SBS	Chr6	15935575	A-T	HET
SBS	Chr6	23302440	C-T	HET
SBS	Chr7	16549786	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28350
SBS	Chr7	9812	C-T	HET
SBS	Chr8	13419707	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22260
SBS	Chr8	15277633	A-C	Homo
SBS	Chr8	22511656	T-A	HET
SBS	Chr9	12289794	C-T	HET
SBS	Chr9	16739435	C-T	HET
SBS	Chr9	3832863	C-T	HET
SBS	Chr9	9307321	C-A	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	306066	306067	1
Deletion	Chr5	2144659	2144662	3
Deletion	Chr3	5033474	5033481	7
Deletion	Chr2	7208440	7208444	4	LOC_Os02g13490
Deletion	Chr6	14474405	14474409	4	LOC_Os06g24650
Deletion	Chr1	15284287	15284288	1	LOC_Os01g27370
Deletion	Chr3	15333813	15333816	3	LOC_Os03g26870
Deletion	Chr9	17425001	17469000	43999	10
Deletion	Chr5	18368906	18368907	1
Deletion	Chr11	18823835	18823851	16
Deletion	Chr6	19519154	19519155	1
Deletion	Chr11	20451079	20451094	15
Deletion	Chr7	22681024	22681034	10
Deletion	Chr7	25007709	25007711	2
Deletion	Chr11	26406014	26406022	8
Deletion	Chr1	26486922	26486928	6
Deletion	Chr4	28682998	28682999	1
Deletion	Chr1	38682991	38682998	7

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	19416435	19416436	2
Insertion	Chr12	4948412	4948412	1
Insertion	Chr4	1537509	1537509	1
Insertion	Chr5	29937843	29937849	7
Insertion	Chr9	12792840	12792840	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	17145819	17422941	LOC_Os09g28230
Inversion	Chr9	17467638	17775998	LOC_Os09g28740

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	14902731	Chr2	31469995	2
Translocation	Chr5	14904077	Chr2	31470006	2
Translocation	Chr4	17332822	Chr3	16470547	LOC_Os04g29224
Translocation	Chr9	17775440	Chr4	18552169	2
Translocation	Chr11	22193579	Chr4	5327080
Translocation	Chr11	25275713	Chr2	9161341

Main menu