Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2386 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2386 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 71

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13844400	G-T	HET
SBS	Chr1	16627004	A-G	Homo
SBS	Chr1	17532252	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g32020
SBS	Chr1	21400807	G-A	HET
SBS	Chr1	30559070	T-C	HET
SBS	Chr1	3359646	G-A	HET
SBS	Chr1	35109184	A-T	HET
SBS	Chr1	35172488	A-G	HET
SBS	Chr1	35721015	C-T	HET
SBS	Chr1	37672115	C-A	HET
SBS	Chr10	13450091	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g25950
SBS	Chr10	8637171	G-A	HET
SBS	Chr11	17333300	C-G	HET
SBS	Chr11	833034	G-T	HET
SBS	Chr12	17458860	A-G	HET
SBS	Chr12	1754825	G-A	HET
SBS	Chr12	24302599	G-A	HET
SBS	Chr12	24833183	C-A	HET
SBS	Chr12	498911	G-T	HET
SBS	Chr12	7445111	A-T	HET
SBS	Chr12	8832115	C-T	HET
SBS	Chr2	34554251	A-G	HET
SBS	Chr2	4668547	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09100
SBS	Chr2	5936896	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g11080
SBS	Chr2	5936901	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g11080
SBS	Chr3	1189750	G-A	HET
SBS	Chr3	17648221	G-A	HET
SBS	Chr3	22405400	G-A	HET
SBS	Chr3	27182532	G-A	HET
SBS	Chr3	29822671	T-C	HET
SBS	Chr3	3090057	T-C	HET
SBS	Chr3	32113140	C-A	HET
SBS	Chr3	4574153	A-G	HET
SBS	Chr3	6464149	T-C	HET
SBS	Chr3	9890171	C-T	HET
SBS	Chr4	10465734	G-A	HET
SBS	Chr4	12359133	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21810
SBS	Chr4	13195371	G-A	HET
SBS	Chr4	18471633	C-T	HET
SBS	Chr4	26039374	G-C	HET
SBS	Chr4	320983	A-T	Homo
SBS	Chr4	4710278	A-G	HET
SBS	Chr4	6321603	G-T	HET
SBS	Chr5	11869280	C-A	Homo
SBS	Chr5	11869283	A-T	Homo
SBS	Chr5	25827611	C-T	HET
SBS	Chr5	4410459	C-T	HET
SBS	Chr6	17869553	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30810
SBS	Chr6	479116	A-G	HET
SBS	Chr7	16160806	G-A	HET
SBS	Chr7	16769309	C-T	Homo
SBS	Chr7	16769310	A-T	Homo
SBS	Chr7	16808172	C-T	HET
SBS	Chr7	17006162	G-A	HET
SBS	Chr7	18839092	T-C	HET
SBS	Chr7	20631875	G-C	HET
SBS	Chr7	25331098	C-T	HET
SBS	Chr7	26115917	G-A	HET
SBS	Chr7	27444984	G-A	Homo
SBS	Chr7	4443183	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g08620
SBS	Chr8	13123773	G-C	HET
SBS	Chr8	18124384	T-C	HET
SBS	Chr8	23361473	T-C	HET
SBS	Chr8	25516915	T-C	HET
SBS	Chr8	6379182	G-C	HET
SBS	Chr8	9779166	T-C	HET
SBS	Chr9	10319898	C-A	HET
SBS	Chr9	14764626	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g24790
SBS	Chr9	17927268	A-G	HET
SBS	Chr9	3160536	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06650
SBS	Chr9	4984183	G-A	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	325162	325163	1	LOC_Os06g01534
Deletion	Chr4	1910620	1910621	1
Deletion	Chr5	3802872	3802901	29
Deletion	Chr4	5842001	5868000	25999	6
Deletion	Chr11	7859510	7859521	11
Deletion	Chr1	10780791	10780794	3
Deletion	Chr2	11489218	11489219	1
Deletion	Chr3	12103039	12103040	1
Deletion	Chr12	12484871	12484872	1
Deletion	Chr10	14054775	14054777	2
Deletion	Chr2	15858085	15858089	4
Deletion	Chr10	16016726	16016727	1
Deletion	Chr7	16913640	16913652	12
Deletion	Chr7	17187179	17187181	2
Deletion	Chr7	20135001	20227000	91999	11
Deletion	Chr1	20144282	20144290	8
Deletion	Chr6	21421164	21421184	20
Deletion	Chr1	35637830	35637832	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	13722556	13722558	3
Insertion	Chr11	7448026	7448029	4
Insertion	Chr2	17891277	17891327	51
Insertion	Chr3	16078768	16078769	2
Insertion	Chr5	20239916	20239917	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	15151527	15458450	LOC_Os02g25860
Inversion	Chr2	15467472	15922963	LOC_Os02g26330
Inversion	Chr1	41335521	41558315	2
Inversion	Chr1	41335522	41558316	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	7540638	Chr2	15467448	2
Translocation	Chr9	9009768	Chr2	15461429
Translocation	Chr9	9357599	Chr6	29946116	2
Translocation	Chr8	25143134	Chr2	24605938

Main menu

You are here

Search Nipponbare