Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17123027	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g31300
SBS	Chr1	2133394	G-T	Homo
SBS	Chr1	23050847	C-T	HET
SBS	Chr1	24774492	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43340
SBS	Chr1	26227059	C-T	HET
SBS	Chr1	32570228	A-G	Homo
SBS	Chr10	15903051	C-G	HET
SBS	Chr10	16249881	G-A	HET
SBS	Chr10	18510140	G-A	HET
SBS	Chr10	4952446	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g09170
SBS	Chr11	14107511	G-A	Homo
SBS	Chr11	15062235	G-T	HET
SBS	Chr11	1762023	A-G	HET
SBS	Chr11	23769505	C-T	HET
SBS	Chr11	5964650	C-G	HET
SBS	Chr12	21820215	C-T	HET
SBS	Chr2	14060854	A-G	HET
SBS	Chr2	15305281	G-A	HET
SBS	Chr2	19963858	T-C	Homo
SBS	Chr2	20344539	G-A	HET
SBS	Chr2	25898674	T-C	HET
SBS	Chr2	33103216	T-A	HET
SBS	Chr2	34213355	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g55890
SBS	Chr2	4925482	C-T	HET
SBS	Chr3	15680807	T-A	HET
SBS	Chr3	15691324	C-T	HET
SBS	Chr3	31041229	G-A	HET
SBS	Chr3	3339287	G-T	HET
SBS	Chr4	24171860	G-A	Homo
SBS	Chr4	276502	G-A	HET
SBS	Chr4	6780429	G-T	HET
SBS	Chr5	17704500	C-T	HET
SBS	Chr5	17744757	A-G	HET
SBS	Chr5	19703803	T-C	HET
SBS	Chr5	28437627	G-A	HET
SBS	Chr5	9417364	C-T	HET
SBS	Chr6	15511029	C-T	Homo
SBS	Chr6	20124417	G-A	HET
SBS	Chr6	31199284	G-A	Homo
SBS	Chr6	5598312	G-A	HET
SBS	Chr7	16387866	G-A	HET
SBS	Chr7	19970779	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g33410
SBS	Chr7	21814015	C-T	HET
SBS	Chr7	22076001	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g36850
SBS	Chr7	4445179	A-T	HET
SBS	Chr7	9765420	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16630
SBS	Chr8	16094165	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g26409
SBS	Chr8	1959719	G-A	HET
SBS	Chr8	27728768	C-T	HET
SBS	Chr8	7416486	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12530
SBS	Chr8	7479418	G-A	HET
SBS	Chr9	3033530	A-G	HET
SBS	Chr9	8990173	G-T	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	1591415	1591447	32
Deletion	Chr6	1634233	1634235	2
Deletion	Chr6	3736733	3736734	1
Deletion	Chr11	3885041	3885044	3
Deletion	Chr5	5592337	5592338	1
Deletion	Chr3	5775224	5775232	8	LOC_Os03g11220
Deletion	Chr5	6917747	6917759	12
Deletion	Chr7	8059578	8059580	2	LOC_Os07g14120
Deletion	Chr11	8716549	8716554	5
Deletion	Chr7	11257001	11292000	34999	6
Deletion	Chr10	13782479	13782482	3
Deletion	Chr7	13790086	13790091	5
Deletion	Chr6	14025204	14025214	10
Deletion	Chr6	15241734	15241735	1
Deletion	Chr10	15406979	15406988	9
Deletion	Chr4	18087918	18087923	5	LOC_Os04g30300
Deletion	Chr8	19335805	19335837	32
Deletion	Chr9	21987421	21987423	2
Deletion	Chr7	22024987	22024989	2	LOC_Os07g36760
Deletion	Chr7	22687142	22687143	1
Deletion	Chr7	26365363	26365365	2
Deletion	Chr2	32719718	32719729	11

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	4043750	4043752	3
Insertion	Chr3	22759606	22759617	12
Insertion	Chr6	1369799	1369800	2
Insertion	Chr7	27107634	27107635	2
Insertion	Chr8	4378474	4378475	2
Insertion	Chr9	15397953	15397956	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	6081079	6388849	LOC_Os10g10990
Inversion	Chr9	6553712	7219657	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	527336	Chr9	1460113	2
Translocation	Chr10	527342	Chr9	1445245
Translocation	Chr8	16262952	Chr7	12110042	2

Main menu