Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13963537	A-C	Homo
SBS	Chr1	15816031	G-A	Homo
SBS	Chr1	15824843	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28244
SBS	Chr1	27123292	G-A	HET
SBS	Chr1	32750553	G-A	HET
SBS	Chr1	4719168	C-T	HET
SBS	Chr10	22208980	G-A	HET
SBS	Chr10	6281308	T-C	HET
SBS	Chr10	7383197	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g13620
SBS	Chr10	7383242	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g13620
SBS	Chr10	9378284	A-T	HET
SBS	Chr11	15739419	G-A	Homo
SBS	Chr11	15750632	T-G	Homo
SBS	Chr11	4308052	G-T	Homo
SBS	Chr12	631521	G-A	HET
SBS	Chr2	13962868	G-A	HET
SBS	Chr2	20390823	A-C	HET
SBS	Chr2	23456604	T-G	HET
SBS	Chr2	26904219	T-C	HET
SBS	Chr2	31357952	A-T	HET
SBS	Chr2	32190635	G-A	HET
SBS	Chr2	35778251	C-T	HET
SBS	Chr2	8979623	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g15870
SBS	Chr3	12550076	T-A	Homo
SBS	Chr3	1500273	C-G	HET
SBS	Chr3	26342884	C-T	HET
SBS	Chr3	27675728	C-T	HET
SBS	Chr4	1633063	C-A	HET
SBS	Chr4	20761813	G-A	Homo
SBS	Chr4	25145369	A-C	HET
SBS	Chr4	27403840	A-G	HET
SBS	Chr5	18676568	G-C	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g32050
SBS	Chr5	743744	T-C	HET
SBS	Chr6	14753310	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25210
SBS	Chr6	28294766	G-A	HET
SBS	Chr7	15798670	C-T	HET
SBS	Chr7	17024161	G-T	HET
SBS	Chr7	20476255	T-C	HET
SBS	Chr7	3793216	A-T	Homo
SBS	Chr8	14404139	G-A	Homo
SBS	Chr8	24435829	C-A	Homo
SBS	Chr8	26312058	T-C	Homo
SBS	Chr9	5600346	G-A	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	594975	594987	12
Deletion	Chr4	6021001	6139000	117999	17
Deletion	Chr4	6141001	6552000	410999	64
Deletion	Chr10	6894621	6894628	7
Deletion	Chr4	7082001	7123000	40999	6
Deletion	Chr4	7125001	7183000	57999	11
Deletion	Chr4	7189001	7246000	56999	10
Deletion	Chr5	8938085	8938089	4
Deletion	Chr11	20132310	20132311	1
Deletion	Chr5	22197092	22197096	4
Deletion	Chr7	23486081	23486102	21
Deletion	Chr6	27263020	27263037	17	LOC_Os06g45070
Deletion	Chr1	33294198	33294199	1
Deletion	Chr2	34877580	34877581	1
Deletion	Chr1	40005587	40005592	5

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	27975174	27975174	1
Insertion	Chr3	33324623	33324624	2
Insertion	Chr7	19027147	19027148	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	255395	453526	LOC_Os01g01484
Inversion	Chr1	392494	453519	LOC_Os01g01740
Inversion	Chr11	869840	875791
Inversion	Chr11	869857	875811

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	20283011	Chr2	31907272
Translocation	Chr5	20283265	Chr2	31907294	LOC_Os05g34270
Translocation	Chr3	22363892	Chr2	3777735
Translocation	Chr12	25470674	Chr7	25234631

Main menu