Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20806793	A-T	HET
SBS	Chr1	31983875	C-T	HET
SBS	Chr1	3905569	T-A	Homo
SBS	Chr1	41006656	G-T	HET
SBS	Chr1	7555078	C-T	HET
SBS	Chr10	20289484	A-T	HET
SBS	Chr10	2887557	A-G	HET
SBS	Chr10	5498518	G-A	HET
SBS	Chr11	13697778	T-C	HET
SBS	Chr11	14725281	G-A	HET
SBS	Chr11	18826875	G-A	HET
SBS	Chr11	26515736	C-T	HET
SBS	Chr11	5851509	T-G	HET
SBS	Chr11	8645212	C-A	HET
SBS	Chr11	8964811	C-T	HET
SBS	Chr12	12770125	G-T	HET
SBS	Chr12	16149129	C-T	Homo
SBS	Chr12	16391110	C-G	HET
SBS	Chr12	23393576	C-T	HET
SBS	Chr12	25349681	C-T	HET
SBS	Chr12	25349682	G-T	HET
SBS	Chr2	10524055	A-T	HET
SBS	Chr2	16910032	T-C	HET
SBS	Chr2	18307474	T-A	HET
SBS	Chr2	30186245	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g49400
SBS	Chr2	35228011	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57490
SBS	Chr3	1492009	G-A	HET
SBS	Chr3	22499969	C-T	HET
SBS	Chr3	26892910	G-A	HET
SBS	Chr3	6460816	G-A	HET
SBS	Chr4	12773000	G-C	HET
SBS	Chr4	17396541	T-A	HET
SBS	Chr4	2122870	G-A	HET
SBS	Chr4	2281407	T-A	HET
SBS	Chr4	31615334	G-A	HET
SBS	Chr4	4594313	A-T	HET
SBS	Chr4	5692057	A-C	HET
SBS	Chr5	17196263	G-A	HET
SBS	Chr5	18689436	C-T	HET
SBS	Chr5	20422917	G-A	HET
SBS	Chr5	29866579	A-G	HET
SBS	Chr6	16245491	G-A	HET
SBS	Chr6	20328195	G-A	HET
SBS	Chr6	7138837	C-T	Homo
SBS	Chr7	13388589	A-T	HET
SBS	Chr7	16230505	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g27810
SBS	Chr7	17217418	C-A	HET
SBS	Chr7	26000601	A-G	HET
SBS	Chr7	4418951	G-T	HET
SBS	Chr7	8047306	C-T	HET
SBS	Chr7	8739772	T-C	HET
SBS	Chr7	9886105	T-C	HET
SBS	Chr8	11263444	C-G	HET
SBS	Chr8	19991914	A-T	HET
SBS	Chr8	24099442	C-T	HET
SBS	Chr8	27033628	T-C	Homo
SBS	Chr8	9783895	A-G	HET
SBS	Chr9	11762882	A-T	HET
SBS	Chr9	2260540	C-T	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	891358	891360	2
Deletion	Chr9	2223177	2223182	5
Deletion	Chr5	2384001	2405000	20999	2
Deletion	Chr4	2654454	2654462	8
Deletion	Chr6	4859294	4859295	1
Deletion	Chr9	6408025	6408030	5
Deletion	Chr2	11940887	11940891	4
Deletion	Chr12	14489156	14489163	7	LOC_Os12g25200
Deletion	Chr3	18281030	18281049	19
Deletion	Chr7	25731257	25731258	1
Deletion	Chr1	30502539	30502551	12
Deletion	Chr1	42889149	42889163	14

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	121624	121625	2
Insertion	Chr12	11336483	11336483	1
Insertion	Chr8	5028140	5028151	12

No Inversion

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	2487537	Chr1	28210946	2
Translocation	Chr6	4548332	Chr3	16853855
Translocation	Chr9	9785554	Chr4	4694868
Translocation	Chr9	9788249	Chr4	4694872
Translocation	Chr12	10043710	Chr9	9544629	2
Translocation	Chr12	10629458	Chr9	16923145	2
Translocation	Chr3	14255790	Chr2	17025208	2

Main menu