Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 30

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15775990	C-A	HET
SBS	Chr1	15775991	G-A	HET
SBS	Chr1	25738430	C-T	HET
SBS	Chr1	29545245	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g51390
SBS	Chr10	13181040	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g25487
SBS	Chr10	16556855	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31590
SBS	Chr11	10373592	A-C	HET
SBS	Chr11	10848993	C-T	HET
SBS	Chr11	17245684	C-A	HET
SBS	Chr11	19435470	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32900
SBS	Chr12	23033266	T-A	HET
SBS	Chr2	11647395	C-T	HET
SBS	Chr2	19051963	C-G	HET
SBS	Chr2	25140202	A-C	HET
SBS	Chr2	26052525	A-G	HET
SBS	Chr3	14148293	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24830
SBS	Chr3	21553837	T-A	HET
SBS	Chr3	8600388	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g15590
SBS	Chr4	14702314	G-A	HET
SBS	Chr4	15051229	G-A	HET
SBS	Chr4	17323104	G-C	Homo
SBS	Chr4	3888899	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g07320
SBS	Chr5	23499908	A-T	HET
SBS	Chr5	2663209	A-G	HET
SBS	Chr6	24141671	G-A	HET
SBS	Chr6	9955479	A-T	HET
SBS	Chr7	20355126	A-G	HET
SBS	Chr7	25722316	A-C	HET
SBS	Chr8	16519690	A-T	HET
SBS	Chr9	20744760	A-G	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1463122	1463123	1	LOC_Os07g03630
Deletion	Chr9	2285922	2285923	1
Deletion	Chr5	4038957	4038958	1	LOC_Os05g07540
Deletion	Chr9	4753131	4753204	73
Deletion	Chr4	7294736	7294738	2
Deletion	Chr10	10921001	11438000	516999	71
Deletion	Chr10	11441001	11455000	13999	2
Deletion	Chr8	12558939	12558940	1	LOC_Os08g20967
Deletion	Chr6	13477689	13477691	2
Deletion	Chr4	28684180	28684189	9
Deletion	Chr1	30909001	31735000	825999	135

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	19069149	19069150	2
Insertion	Chr4	10895202	10895202	1
Insertion	Chr4	25983171	25983210	40	LOC_Os04g43870
Insertion	Chr4	703349	703378	30
Insertion	Chr8	3232481	3232483	3
Insertion	Chr9	214333	214333	1	LOC_Os09g01250

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	7551094	8172480	LOC_Os04g13530
Inversion	Chr4	20493799	20494700
Inversion	Chr1	30770265	30902939	2
Inversion	Chr1	30776747	31732211	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	1297061	Chr3	28273911	2
Translocation	Chr10	11440228	Chr3	13483593
Translocation	Chr6	15873928	Chr1	8112040
Translocation	Chr6	16817203	Chr1	29886721
Translocation	Chr9	19310216	Chr3	8413903	2

Main menu