Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13432934	A-T	HET
SBS	Chr1	35565052	T-A	Homo
SBS	Chr10	17884579	A-C	HET
SBS	Chr10	17940685	T-C	HET
SBS	Chr11	12588248	G-A	HET
SBS	Chr11	16527186	A-T	HET
SBS	Chr11	21631862	A-C	HET
SBS	Chr12	11586134	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19890
SBS	Chr12	11836269	T-C	HET
SBS	Chr2	12983672	G-C	HET
SBS	Chr2	1689917	A-T	HET
SBS	Chr2	17338363	C-T	HET
SBS	Chr2	17736733	T-C	HET
SBS	Chr2	26499916	C-T	HET
SBS	Chr2	27515822	C-A	HET
SBS	Chr2	769846	G-A	HET
SBS	Chr2	9432096	G-A	HET
SBS	Chr3	1727911	T-C	HET
SBS	Chr3	19042797	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g33290
SBS	Chr3	34856118	T-G	HET
SBS	Chr4	1402851	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03300
SBS	Chr4	14724433	G-T	HET
SBS	Chr4	25219058	G-A	Homo
SBS	Chr5	13316143	C-T	HET
SBS	Chr5	16699758	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28510
SBS	Chr5	28549259	T-A	HET
SBS	Chr5	5733647	A-T	HET
SBS	Chr5	9207596	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16270
SBS	Chr6	2070914	A-C	HET
SBS	Chr6	29347595	C-T	HET
SBS	Chr6	5516716	T-C	HET
SBS	Chr7	10877132	G-A	Homo
SBS	Chr7	1417608	T-A	Homo
SBS	Chr7	21617735	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g36170
SBS	Chr7	9076192	G-T	HET
SBS	Chr7	9189538	A-G	HET
SBS	Chr9	16794475	C-A	HET
SBS	Chr9	6019146	C-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	5088732	5088738	6	LOC_Os08g08770
Deletion	Chr11	14290732	14290739	7
Deletion	Chr6	15515737	15515745	8
Deletion	Chr3	19052417	19052423	6	LOC_Os03g33310
Deletion	Chr8	21461641	21461652	11
Deletion	Chr6	21500679	21500689	10
Deletion	Chr4	24514836	24514850	14
Deletion	Chr3	24737106	24737118	12
Deletion	Chr4	25232001	25277000	44999	6
Deletion	Chr7	28264001	28287000	22999	4

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	11757951	11757954	4
Insertion	Chr2	15267660	15267661	2
Insertion	Chr2	24759160	24759160	1
Insertion	Chr6	5238587	5238589	3
Insertion	Chr7	14662587	14662587	1
Insertion	Chr7	548233	548234	2
Insertion	Chr8	16259313	16259313	1
Insertion	Chr9	14315063	14315066	4

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	1358757	1788226	LOC_Os04g03210
Inversion	Chr4	1358772	1788237	LOC_Os04g03210
Inversion	Chr7	28265208	28298690	LOC_Os07g47284
Inversion	Chr7	28285787	28298692	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	5508689	Chr1	29887139
Translocation	Chr12	11832536	Chr3	15245762	2
Translocation	Chr7	28285787	Chr2	29006370	2
Translocation	Chr7	28298692	Chr2	29006171	2

Main menu