Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2426 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2426 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20036718	A-G	HET
SBS	Chr1	2022604	A-G	Homo
SBS	Chr1	23788103	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g41960
SBS	Chr1	30190887	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g52550
SBS	Chr1	35713900	C-T	HET
SBS	Chr1	420151	G-A	Homo
SBS	Chr10	14530471	A-C	Homo
SBS	Chr10	5221391	G-C	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os10g09650
SBS	Chr10	5245832	C-A	Homo
SBS	Chr10	5453929	A-G	HET
SBS	Chr11	10567201	C-A	Homo
SBS	Chr11	25168815	T-C	Homo
SBS	Chr11	2625160	G-T	HET
SBS	Chr12	12214269	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g21720
SBS	Chr12	15349105	C-T	HET
SBS	Chr12	22093380	T-A	HET
SBS	Chr2	11098103	T-C	HET
SBS	Chr2	29721856	G-A	HET
SBS	Chr2	3314322	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06592
SBS	Chr2	4866184	C-A	HET
SBS	Chr3	12153270	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g21270
SBS	Chr3	23199603	G-A	Homo
SBS	Chr3	23877152	G-T	HET
SBS	Chr3	30086641	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g52430
SBS	Chr3	30719103	C-T	Homo
SBS	Chr3	30719112	C-T	Homo
SBS	Chr3	31370257	T-A	Homo
SBS	Chr4	18314082	A-C	HET
SBS	Chr4	4909651	G-A	HET
SBS	Chr5	13262739	C-A	HET
SBS	Chr5	14576811	A-G	HET
SBS	Chr5	20173072	A-C	Homo
SBS	Chr5	20614536	C-T	Homo
SBS	Chr5	24197520	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g41310
SBS	Chr5	26664587	A-G	HET
SBS	Chr5	29928254	G-T	Homo
SBS	Chr6	13957721	G-T	HET
SBS	Chr6	15093295	G-A	HET
SBS	Chr6	15775256	A-G	HET
SBS	Chr6	24875707	G-A	HET
SBS	Chr6	27078473	C-T	HET
SBS	Chr6	3386347	G-T	HET
SBS	Chr7	14897830	G-A	HET
SBS	Chr7	18690226	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g31500
SBS	Chr7	27053370	A-C	HET
SBS	Chr7	28812390	G-A	HET
SBS	Chr7	29618800	T-C	HET
SBS	Chr7	8039264	T-A	HET
SBS	Chr7	8074851	C-T	HET
SBS	Chr7	9431632	T-C	HET
SBS	Chr8	11293455	T-A	HET
SBS	Chr8	23269838	T-C	HET
SBS	Chr8	24982424	A-G	HET
SBS	Chr8	7294163	G-A	HET
SBS	Chr8	777235	T-A	Homo
SBS	Chr9	14623894	C-G	HET
SBS	Chr9	19230192	C-A	HET
SBS	Chr9	7321733	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g12750

Deletions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	743784	743788	4	LOC_Os01g02350
Deletion	Chr1	988208	988215	7	LOC_Os01g02810
Deletion	Chr11	1699387	1699391	4
Deletion	Chr8	2629959	2629960	1
Deletion	Chr6	3102684	3102685	1
Deletion	Chr3	3768404	3768410	6
Deletion	Chr6	6262001	6273000	10999
Deletion	Chr4	6707698	6707718	20
Deletion	Chr3	7133862	7133869	7
Deletion	Chr3	8418482	8418494	12	LOC_Os03g15390
Deletion	Chr12	10127262	10127264	2
Deletion	Chr8	11277591	11277593	2	LOC_Os08g18920
Deletion	Chr8	11344149	11344154	5
Deletion	Chr5	13919748	13919749	1
Deletion	Chr5	14467657	14467679	22
Deletion	Chr9	15212219	15212237	18
Deletion	Chr6	16376963	16376964	1
Deletion	Chr2	16767646	16767654	8	LOC_Os02g28370
Deletion	Chr10	18512001	18538000	25999	2
Deletion	Chr5	21724129	21724142	13
Deletion	Chr8	23849963	23849966	3	LOC_Os08g37640
Deletion	Chr1	25496407	25496418	11
Deletion	Chr6	28809991	28810001	10
Deletion	Chr1	33766350	33766381	31
Deletion	Chr3	35701989	35701990	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr6	24414618	24414619	2
Insertion	Chr8	3946507	3946507	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	2000541	2117307	LOC_Os01g04490
Inversion	Chr1	2000549	2117319	LOC_Os01g04490

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	23626982	Chr10	15566640	2
Translocation	Chr12	23626985	Chr10	15450841

Main menu

You are here

Search Nipponbare