Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	26580871	T-C	Homo
SBS	Chr1	34920177	G-A	HET
SBS	Chr1	35047776	G-A	HET
SBS	Chr10	17662119	G-T	HET
SBS	Chr11	23475978	G-A	HET
SBS	Chr11	4038840	T-A	HET
SBS	Chr11	7418789	C-G	Homo
SBS	Chr12	11792517	G-A	HET
SBS	Chr12	14765372	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25510
SBS	Chr12	14953521	C-A	HET
SBS	Chr2	19133621	G-T	Homo
SBS	Chr2	19133622	A-T	Homo
SBS	Chr2	2973488	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g05970
SBS	Chr2	34396650	C-T	HET
SBS	Chr3	12745187	C-T	HET
SBS	Chr4	11518643	A-G	HET
SBS	Chr4	18584497	G-A	HET
SBS	Chr4	30709023	T-G	Homo
SBS	Chr4	31320260	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g52640
SBS	Chr5	926833	G-A	HET
SBS	Chr5	9830025	C-T	HET
SBS	Chr6	15203911	A-G	HET
SBS	Chr6	21277398	C-T	HET
SBS	Chr6	24606904	T-A	HET
SBS	Chr6	27996091	C-A	HET
SBS	Chr6	31104147	G-A	HET
SBS	Chr7	10304066	G-C	HET
SBS	Chr7	16936068	A-G	Homo
SBS	Chr7	373512	G-T	HET
SBS	Chr7	9144649	A-T	Homo
SBS	Chr8	26600152	G-A	HET
SBS	Chr8	7546824	A-C	HET
SBS	Chr8	7546842	T-C	HET
SBS	Chr9	1405261	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g02990
SBS	Chr9	14694269	A-T	HET
SBS	Chr9	14820017	A-T	HET
SBS	Chr9	15392276	C-T	HET
SBS	Chr9	3027282	A-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	982697	982699	2
Deletion	Chr2	4248705	4248707	2
Deletion	Chr11	8590001	8629000	38999	5
Deletion	Chr5	8653862	8653864	2
Deletion	Chr12	8815001	8830000	14999	4
Deletion	Chr12	10940001	11083000	142999	18
Deletion	Chr12	11091001	11192000	100999	19
Deletion	Chr10	22775728	22775732	4
Deletion	Chr4	23667291	23667292	1	LOC_Os04g39710
Deletion	Chr6	24218001	24247000	28999	7
Deletion	Chr2	25365968	25365970	2
Deletion	Chr8	28376001	28402000	25999	6
Deletion	Chr8	28407001	28426000	18999	LOC_Os08g45240
Deletion	Chr7	28718713	28718715	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	14478809	14478809	1
Insertion	Chr4	15540200	15540201	2
Insertion	Chr4	35483967	35483969	3
Insertion	Chr7	19566534	19566536	3
Insertion	Chr7	306946	306947	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	10121839	10733806	2
Inversion	Chr8	28394105	28394764	LOC_Os08g45220

Translocations: 15

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1361488	Chr2	2418050
Translocation	Chr8	1840254	Chr3	30508442
Translocation	Chr12	8813789	Chr9	10270310	2
Translocation	Chr12	8814884	Chr9	10270300	2
Translocation	Chr8	9789221	Chr6	24219273	2
Translocation	Chr11	10729338	Chr6	24218512	2
Translocation	Chr12	10910069	Chr7	18371884	2
Translocation	Chr12	10910241	Chr7	18371883	2
Translocation	Chr12	10910258	Chr1	34723325	LOC_Os12g18830
Translocation	Chr10	14333309	Chr9	10527948	LOC_Os10g27200
Translocation	Chr4	15518915	Chr2	22225603
Translocation	Chr8	16926100	Chr7	8780947
Translocation	Chr11	22131061	Chr6	15401560	LOC_Os11g37480
Translocation	Chr8	26074882	Chr2	22724442	2
Translocation	Chr11	27626390	Chr6	9802013

Main menu