Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	417840	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01790
SBS	Chr1	42978329	G-A	HET
SBS	Chr1	6127955	T-C	Homo
SBS	Chr11	1219834	T-A	HET
SBS	Chr11	1331667	C-A	HET
SBS	Chr11	1331669	C-A	HET
SBS	Chr11	15744908	C-A	HET
SBS	Chr12	21777855	G-C	HET
SBS	Chr12	26267343	C-T	HET
SBS	Chr12	7265517	G-A	HET
SBS	Chr12	8421537	C-T	HET
SBS	Chr2	11458560	C-T	HET
SBS	Chr2	1906088	G-T	HET
SBS	Chr2	25766124	T-C	HET
SBS	Chr2	26304188	T-G	HET
SBS	Chr2	28035538	G-A	HET
SBS	Chr2	31567550	G-A	Homo
SBS	Chr2	7886745	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14370
SBS	Chr3	17845639	T-C	Homo
SBS	Chr3	20113392	T-C	Homo
SBS	Chr3	20113393	C-A	Homo
SBS	Chr3	25096166	G-C	Homo
SBS	Chr4	13382316	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23400
SBS	Chr4	23980661	G-T	HET
SBS	Chr4	33100044	C-A	Homo
SBS	Chr5	23414438	T-C	HET
SBS	Chr5	24504565	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g41840
SBS	Chr5	28905222	G-A	HET
SBS	Chr5	3507344	T-A	HET
SBS	Chr5	4171556	T-A	HET
SBS	Chr5	4171592	A-G	HET
SBS	Chr5	4236594	G-A	HET
SBS	Chr5	6651380	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g11710
SBS	Chr7	10894548	G-T	HET
SBS	Chr7	614100	A-T	HET
SBS	Chr8	13879192	A-G	HET
SBS	Chr8	6762161	C-T	HET
SBS	Chr9	807566	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	574702	574708	6
Deletion	Chr3	2621405	2621411	6	LOC_Os03g05350
Deletion	Chr10	2726001	2756000	29999	4
Deletion	Chr10	2960001	2978000	17999	4
Deletion	Chr10	2982001	2997000	14999	3
Deletion	Chr3	5892885	5892893	8
Deletion	Chr5	7007007	7007016	9
Deletion	Chr6	8342182	8342183	1
Deletion	Chr12	21209745	21209746	1	LOC_Os12g34840
Deletion	Chr10	22226621	22226625	4	LOC_Os10g41350
Deletion	Chr5	22372003	22372004	1
Deletion	Chr2	22547585	22547588	3
Deletion	Chr5	24704955	24704957	2
Deletion	Chr5	28019430	28019438	8
Deletion	Chr5	28177502	28177503	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	15888522	15888523	2
Insertion	Chr7	21872236	21872238	3	LOC_Os07g36580
Insertion	Chr8	17951508	17951508	1
Insertion	Chr9	12073076	12073077	2
Insertion	Chr9	13285240	13285241	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	28717710	28879704	LOC_Os05g50110
Inversion	Chr5	28717716	28879702	LOC_Os05g50110

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	20626406	Chr2	12907404
Translocation	Chr12	22869439	Chr6	18063794	2
Translocation	Chr11	23449558	Chr8	16435263

Main menu